腎結石的病因很多，有遺傳性因素、代謝性因素、感染性因素、環境因素、飲食因素、解剖因素、藥物因素等等。
1.腎結石形成的有關因素：尿液中的某些晶體與膠體沉積聚集形成結石，不同部位和不同成分的結石其形成的因素不盡相同。有些與地域、水質、飲食習慣、缺乏蛋白質和含硫氨基酸的營養不良、維生素A缺乏等外在因素有關，有些則與內在因素有關，如遺傳傾向、代謝特點變異、慢性腹瀉、甲狀旁腺功能亢進、尿路畸形、梗阻、感染、異物、瘻道及尿液酸鹼度變化等。
2.腎結石的性質：近年來應用礦物學和晶體學對結石進行成分分析，瞭解到絕大多數尿石成分是混合性的，但以某一種爲主，由磷酸鈣及草酸鈣組成的約佔65%，磷酸鎂胺約佔15%.其餘20%爲尿酸、胱氨酸及黃嘌呤。草酸鹽結石可在酸性或鹼性尿中形成，深褐色，質硬，表面常有小棘突狀結構形如桑椹。尿酸鹽結石黃褐色，在酸性尿中形成。磷酸鹽結石色較白、質軟脆表面粗糙，在鹼性尿中形成。在腎盂中形成的結石，可呈腎盂腎盞的形態，稱爲鹿角形或鑄形結石。
