現在約翰霍普金斯大學的研究人員認爲一些頭頸部的癌症，尤其是扁桃體的和舌以下區域的癌症同HPV感染有關。他們還發現HPV陽性的頭頸部癌症的預後比較好，說明與其它的頭頸部癌症不同。
Keerti V. Shah博士說， 通常頭頸部癌症的預後不太好，大多數病人是在疾病晚期才發現的。但HPV陽性的癌症在顯微鏡下有明顯的特徵，所以病理學家能立即判斷是否是HPV陽性的腫瘤。
在5月3日出版的國立癌症研究所雜誌上，Shah博士及其同事發表了他們的研究報告。他們在253例頭頸部癌症的病人中檢測HPV。25%的病例中發現HPV，90%的HPV陽性腫瘤中還帶有HPV16亞型，而這一亞型通常和子宮頸癌有關。
HPV陽性的腫瘤同HPV陰性的腫瘤有明顯的區別。一方面在顯微鏡下有明顯區別，另一方面HPV陽性腫瘤很少有P53基因的突變。在中重度飲酒者和吸菸者中，HPV陽性腫瘤要比其它類型的頭頸部腫瘤少。根據這些特徵，研究人員認爲這種癌症可能同HPV感染有關。
HPV陽性腫瘤患者同其它腫瘤患者相比，死於癌症的可能性要少59%。這可能是HPV破壞組織的能力不如一些環境因素，如吸菸。另外，HPV陽性腫瘤對放療更敏感。
在一篇評論中，哈佛大學的David T. W. Wong和Karl Munger博士認爲高危的HPV相關的頭頸部癌症可能同HPV相關的子宮頸癌相似但不等同。他們認爲這一發現很有價值，因爲這對頭頸部癌症患者的診斷和治療都有重要的意義。
