目前治療扁平疣的三種方法及各自的優缺點。
1、注射激素轉移因子。
西醫治療扁平疣主要注射轉移因子等激素來提高人體免役功能。由於這一種間接性治療不是直接能殺滅扁平疣病毒，所以治癒率也很低，特別是對一些年齡偏高的人。
2、口服中藥。
由於從口服到內臟吸收到達皮膚，藥力損耗大，這種口服中藥運用扶正祛邪的原理，不是直接殺滅病毒，所以效果並不理想，並且要長期連續服用幾十天，一般人很難堅持。
3、採用激光剷除的方法。
傳統認爲激光只能剷除表面扁平疣顆粒，而皮下病毒沒有剷除，所以不可能起到根本的治療作用，即使當時剷除了，往往過了幾個月扁平疣還會重新發出來，有的甚至還會留疤。張學才主任表示，以前會有這種可能性，但是結合最近的臨牀病例顯示，脈衝激光對治療扁平疣效果還是不錯的，而且愈後基本不會留下疤痕。
中藥配合激光療效好
北京軍區總醫院皮膚科最初是用外用藥的辦法治療扁平疣，但一個問題是會留疤痕。後來到了上個世紀80年代，他們在北京首先採用了激光治療扁平疣的方法，通過二十多年的積累，他們用中藥配合激光的治療方法效果非常理想。
中藥配合激光，一方面可以增加患者免疫力更快殺滅病毒，另外一方面可解決患者使用激光後可能出現色沉的影響。
