到目前爲止，對於肝癌來說具體的發病原因我們還不是很清楚，但是這種病的發病率和死亡率都在明顯的上升，這樣就嚴重的影響了我們的生命健康。但是因爲目前尚難以一種因素滿意解釋我國和世界各地肝癌的發病原因和分佈情況，故肝癌的發生可能由多種因素經多種途徑引起；不同地區致癌和促癌因素可能不完全相同，什麼是主要因素各因素之間相互關係如何尚有待研究。
（一）病毒性肝炎和肝硬化 乙型肝炎病毒和肝癌關係的研究發現：①肝癌患者血清中慚型肝炎標誌物高達90%以上（對照組僅約15%）；②肝癌高發區HBsAg陽性者發生肝癌機會比陰性者高6～50倍；③分子生物學研究顯示我國肝癌病人中單純整合型HBV-DNA佔51.5%；④HBV的X基因可改變HBV感染的肝細胞的基因表達與癌變可能有關以上說明乙型肝炎病毒與肝癌關係密切是肝癌發生的重要危險因素，近年來丙型肝炎與肝癌關係引起注意，我國資料顯示肝細胞癌中5～8%患者抗HCV陽性對照組爲0～2%肝癌病例中抗HCV與HBV合併感染者多，HCV與肝癌的關係在日本極爲重要，在中國還有待證實。肝硬化與肝癌關係亦令人注目，在500例肝癌屍檢材料中肝癌和肝硬化合並率爲83.6%，肝硬化與肝癌伴發率爲49.9%，其中大結性肝硬化佔73.3%，顯示肝癌與肝硬化關係密切，在合併肝硬化者中56.5%有不同程度的慢性活動性肝炎病變，說明肝硬化尚在進行中，以上結果提示慚肝病毒持續感染與肝細胞癌有密切關係。推測其過程可能是乙型肝炎病毒引起肝細胞損害繼而發生增生或不典型增生，從而對致癌物質敏感，在多病因參與和階段的發病過程中可能有多種基因發生改變，即一羣原癌基因被激活爲癌基因以及一個或多個抗癌基因失活其結果引起細胞生長的失控肝細胞出現持續增殖最後導致癌變；
（二）黃麴黴毒素 在肝癌高發區，尤以南方以玉米爲主糧地方調查，提示肝癌流行可能與黃麴黴毒素對糧食的污染有關。人羣尿液黃麴黴毒素B1代謝產物黃麴黴毒素M1含量很高，黃麴黴毒素B1是動物肝癌最強的致癌劑，但與人肝癌的關係迄今尚無直接證據；
（三）飲水污染 江蘇啓東飲用溝溏水者肝癌發病率爲60～101/10萬，飲用井水者僅0～19/10萬，飲用溝水者相對危險度爲3.00.調查發現溝溏水中有一種蘭綠藻產生藻類毒素，可能是飲水污染與肝癌發生的有關線索；
（四）遺傳因素 在高發區肝癌有時出現家族聚集現象，尤以共同生活並有血緣關係者的肝癌罹患率高，可能與肝炎病毒垂直傳播有關，但尚待證實；
（五）其他 引起肝癌的其他致癌物質或致癌因素被疑及的尚有：①酒精中毒；②亞硝胺；③農藥如有機氯類等；④微量元素肝癌流行區水土壤糧食人頭髮及血液中含銅鋅較高鉬較低；⑤中華分枝睾吸蟲刺激膽管上皮增生而產生膽管細胸癌⑥微量元素性激素放射性物質寄生蟲酗酒吸菸遺傳因素等；
到目前爲止，肝癌的病因還不很清楚，但現在普遍認爲下述的因素可能與肝癌的發病有關。
⑴肝病與肝癌的關係：目前臨牀上已注意到肝癌的患者常有急性肝炎→慢性肝炎→肝硬變的病史。從病理學的角度分析，在原發性肝細胞癌病人中，約有５０－８０％的病例伴有肝硬變：而原發性肝癌的膽管上皮細胞癌中，有１８。２～５０％病例伴有肝硬變。這一數字說明這兩種疾病的密切關係，肝癌可能是肝硬化所引起的肝細胞過度再生的結果。另外通過對肝癌病人乙型肝炎表面抗原（ＨＢsＡg）的測定，發現肝癌病人ＨＢsＡg的陽性率高達８１。８２％。這一結果似乎說明以前曾患過乙型肝炎，但兩者的關係，尚有待進一步研究。但有一點可以肯定，預防病毒性肝炎，肝硬變，對減少肝癌的發生是十分重要的。
⑵黃麴黴及其黴素：大量的科學試驗已經證明，用含有黃麴黴菌或其毒素的食物，餵養實驗動物，可引起動物的肝癌。所以有人認爲非洲的南部比較潮溼，食物易發生黴變少，肝癌的發病率也比較低。易發生黴變的食物有大米、麥子、大豆、花生、玉米。
⑶其他：食入過多含有亞硝胺類化合物的食物，寄生蟲病（主要提肝吸蟲即中華分支睾吸蟲）。
