複發性口腔潰瘍是比較複雜的一類口腔潰瘍，複發性口腔潰瘍的治療也是比較複雜的，一般分爲局部治療和全身治療。
（一）局部治療口腔潰瘍主要目的是消炎、止痛，促進潰瘍癒合。
治療方法較多，根據病情選用：
1、含漱劑0.25%金黴素溶液，1∶5000氯已定洗必泰溶液，1∶5000高錳酸鉀溶液，1∶5000呋喃西林溶液等。
2、含片杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3、散劑冰硼散，錫類散，青黛散，養陰生肌散，黃連散等是中醫傳統治療口腔潰瘍的主要藥。此外，複方倍他米鬆撒佈亦有消炎、止痛、促進潰瘍癒合作用。
4、藥膜其基質中含有抗生素及可的鬆等藥物。用時先將潰瘍處擦乾，剪下與病變面積大小相近的藥膜，貼於潰瘍上，有減輕疼痛，保護潰瘍面，促進癒合的作用。
5、止痛劑有0.5%～1%普魯卡因液，0.5%～1%達克羅寧液，0.5%～1%地卡因液，用時塗於潰瘍面上，連續2次，用於進食前暫時止痛。
6、局部封閉適用於腺周口瘡。以2.5%醋酸潑尼龍混懸液0.5～1ml加入1%普魯卡因液1ml注射於潰瘍下部組織內，每週1～2次，共用2～4次。有加速潰瘍癒合作用。
7、激光治療用氦氖激光照射，可使粘膜再生過程活躍，炎症反應下降，促進癒合。治療時，照射時間爲30秒～5分鐘。一次照射不宜多於5個病損。
（二）全身治療因病因尚不清楚，治療效果不夠理想。
1、免疫抑制劑目前認爲本病與自身免疫性疾病有關，近年來試用免疫抑制劑治療，部分病例有一定效果。若能經檢查確定爲自身免疫性疾病，採用免疫抑制劑則有明顯療效。常用藥物爲腎上腺皮質激素：潑尼鬆（強的鬆）5mg/片，地塞米松0.75mg/片，一日3～4次，每次1片。5天后病情控制則減量，每日減5～10mg。總療程爲7～10天后停藥，如療程長，爲防止感染擴散，應加用抗生素。對嚴重白塞綜合徵，可住院後給予氫化可的鬆100mg或地塞米松5mg和四環素1g加入5%～10%葡萄糖液中，靜脈滴注，病情好轉後逐步減量。對有胃潰瘍、糖尿病、活動期肺結核的患者應禁用或慎用。
