水中的病毒有腸道病毒(包括脊髓灰質炎病毒和其他腸道病毒)、肝炎病毒、冠狀病毒、SARS冠狀病毒。
腸道病毒引起的臨牀表現複雜多變，同型病毒可引起不同的症侯，而不同型的病毒又可引起相似的臨牀表現。一般症候有以下幾種：無菌性腦膜炎、腦炎;急性心肌炎和心包炎;流行性胸痛;皰疹性咽峽炎;出疹性疾病;呼吸道感染;小兒腹瀉等。
病毒性肝炎一般可分爲甲型肝炎(傳染性肝炎或短潛伏期肝炎)和乙型肝炎(血清性肝炎或潛伏期肝炎)，兩者病理變化和臨牀表現基本相同。主要臨牀症狀有食慾減退、噁心、上腹部不適(或肝區痛)、乏力等，部分病人有黃疽和發熱，多數肝臟腫大，伴有肝功能損害。甲型肝炎病毒( hepatitis A virus,HAV)是一種形態上顯着區別於同族其他成員的細小核糖核酸病毒。
1981年歸類爲腸道病毒屬72型。最近由於它在許多方面的特徵與腸道病毒有所不同而歸人嗜肝RNA病毒(Hepamavirus)科。甲型肝炎病毒主要從糞便排出體外，經口傳染。水源或食物被污染後，可能引起爆發性流行。肝炎病毒對一般化學消毒劑的抵抗力強，在乾燥或冰凍環境下能生存數月或數年。以紫外線照射1h或蒸煮30min以上可滅活。加氯消毒有一定的滅活作用。
輪狀病毒主要通過口-糞途徑傳播，可經飲用或進食受污染的飲水或食物、或接觸受污染的對象傳播。1981年美國科羅拉多州發生的輪狀病毒病的暴發與市政供水的污染有關。1982年以來，中國發生了幾次感染數百人的B族輪狀病毒大暴發，其原因是飲用水被污水污染。2002年底在我國廣東省發現首例嚴重急性呼吸道綜合徵(severe acute respiratory syndrome, SARS,俗稱非典型性肺炎)患者，截至2003年6月SARS已經波及到380個國家和地區，總髮病8000餘例，死亡800多人。該病患者初期通常有高於38℃的發熱，並會伴有寒顫，或者頭痛、倦怠和肌痛，後期表現爲乾咳無痰，呼吸困難。該病傳播途徑以近距離飛沫傳播爲主，同時可以通過手接觸呼吸道分泌物經口、鼻、眼傳播。
