脂肪肝應與其他常見肝病如病毒性肝炎，自身免疫性肝炎，代謝性肝病，肝硬化等進行鑑別。
一、重度脂肪肝
重症脂肪肝是指臨牀症狀兇惡，預後不良的脂肪肝，嚴格來說，它是某些危重疾病的一種病理過程，主要包括妊娠急性脂肪肝，腦病脂肪肝綜合徵，它與一般脂肪肝在臨牀症狀，體徵，疾病預後方面具有明顯不同。
1、妊娠急性脂肪肝
本病又稱爲產科急性黃色肝萎縮，是妊娠的嚴重併發症，臨牀較爲少見。該病多發生於妊娠末。
主要臨牀症狀：突發的持續性惡心，嘔吐，甚至嘔血，伴有上腹疼痛，一週出現黃疸，常無瘙癢，以後黃疸迅速加深，繼之出現不同程度的意識障礙或昏迷;血清膽紅素輕至中度升高，以及尿血，便血，紫癜，齒齦及注射部位出血，同時，血小板及纖維蛋白原減少，半數病人少尿，代謝性酸中毒等早期腎功能衰竭的表現。
2、腦病脂肪肝綜合徵
本病主要發生於小兒和青少年，發病前常有某種病毒感染，感冒樣前驅症狀和水痘，感染症狀改善2-3天后，突然出現頻繁嘔吐，伴劇烈頭痛，數小時內進入譫妄，痙攣，木僵和去大腦皮質狀態，最後進入昏迷，常伴有發熱，低血糖，肝功能異常等表現，本病起病兇險，病死率高。
二、肝癌，肝血管瘤，肝膿腫，肝囊腫
侷限性脂肪肝改變需與它們相鑑別，肝癌，尤其是小細胞肝癌和甲胎蛋白陰性的肝癌，很難與侷限性脂肪肝鑑別，通常情況下小細胞肝癌多呈衰減，常有包膜影和門靜脈侵犯，轉移性肝癌多爲超聲增強，常見多結節，無門脈系統侵犯，CT顯示肝癌多呈邊界較清楚的密度減低區，加註造影劑後掃描組織對比增強，選擇性肝動脈造影能較好地顯示腫瘤血管或血管瘤，肝動脈造影雖然在鑑別肝血管瘤和肝癌時存在困難，但對於排除肝膿腫，肝囊腫等仍有一定價值，B超引導下肝穿刺活檢是確診各種肝內佔位性病變的有效方法。
三、病毒性肝炎
脂肪肝患者肝內脂肪變性呈瀰漫性分佈，常需與病毒性肝炎等鑑別，病毒性肝炎患者除具有乏力，納差，發熱，噁心，嘔吐，黃疸，尿黃等表現外，流行病學，病原學檢查有助於確診。
