帝王，大多偏愛補藥，而康熙對補藥則有所戒。對補藥，他曾說過這樣一段話：“服補藥大無益。藥性宜於心者不宜於脾;宜於肺者不宜於腎。朕嘗諭人勿服補藥。藥補不如食補。夫好服補藥者，猶人之喜逢迎者。天下豈有喜逢迎而可爲善乎？
一個人的健康標誌，體現在心理和體質上。對於心理的調節，康熙多通過練書法以求得“寬懷”（舒心）。他曾親自總結了一條經驗，叫做“寬懷只有數行字”，“數行字”就能得到“寬懷”之效。按現代醫學解釋，練習書法可對腦神經起到調節、放鬆、消除疲勞的作用，還可鍛鍊人的耐心，培養人的意志，從而獲得身心健康。康熙在《仿二王墨跡》詩中說“案上露凝銅雀潤”——雖然書案上和銅雀（香爐）上凝聚了欲滴的露珠，但仍然是“象管（象牙筆桿）揮時在正心”。這“正心”二字，體現了他練書之專，養志之誠，娛心之深。對於個人體質，康熙一生勤於治理朝政，深悉體質的重要，他認爲“恆勞而知逸”，在日理萬機之暇，還在宮內種植蔬菜。在秋高氣爽之時，則到木蘭圍場，急馬奔走，狩獵騎射，以舒展筋骨，增強體質。
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十七世紀初，日爾曼人鄧玉函的《泰西人身說概》和意大利人羅雅谷的《人身圖說》及法國人皮理的《人體解剖學》等相繼傳入中國。爲了學習西方醫學，康熙令在清廷供職的法國傳教士白晉及宮廷畫家等人，專門畫了一些解剖圖象，還叫傳教士巴多明將《人體解剖學》譯成中文，希冀“造（福）於社會”，挽救“人之生命”，這在當時的封建社會，實屬難能可貴。
對於西藥，康熙對治瘧藥金雞鈉有着特別的興趣，原來康熙32年，他患了瘧疾久治不愈，衆醫束手無策，恰逢法國的傳教士洪若翰、劉應入京聞知，特進獻金雞納，康熙服之而愈，大喜，給予重賞，賜廣安門內廣廈一所。此後康熙視金雞納爲奇藥，並把它作爲“御製聖藥”轉賜患瘧的大臣，以示恩寵。爲了研究推廣西藥，康熙還恩准在宮中開設了實驗室，供傳教士制西藥用。有時康熙還親自給官員問病開方，中西藥並用。他在宮內試種牛痘預防天花，效果較好。其後下詔推廣，讓邊外四十九旗及喀爾喀——蒙古人也種牛痘。“初種時年老人尚以爲怪”，康熙“堅意爲之”。
