以下觀點絕不是要否定本草物質組計劃，相反，該計劃無疑是極大地豐富了中藥研究的思維和方法，應更深入地對該計劃的可行性進行研究。同時，由於中藥和疾病本身的複雜性，研究思維和方法也應該多樣性，正所謂研究中藥路千條，不能認定只有一條路可走。
近年來，本草物質組計劃的提出備受業界關注，得到了國內相關研究機構的肯定，也使得中藥行業爲之振奮和鼓舞。
本草物質組計劃是針對中藥研究所面臨的問題而提出的，這些問題包括：多組分、多靶點、整合調節理論尚未得到系統驗證；中藥研究技術和產品不標準；中藥物質基礎和作用機理仍不清晰；標準化的中藥組分資源和信息資源匱乏。本草物質組計劃就此提出要依靠現代科技手段，通過方法學和關鍵技術上的創新和發展，對本草物質基礎進行系統、深入的解析。分離材料的研發是高通量製備與表徵的基礎，大力發展基質材料，並在基質材料的基礎上設計多種新型的、系列的功能分離材料以適應中藥複雜體系的分離分析要求，去解釋中藥爲什麼能治病，這無疑是一條可能會在中藥研究上取得突破的道路。
而要達到這個目標首先應該解決的核心問題是：必須掌握所有中藥的物質信息，清楚所有的靶點以及靶點之間的生理、病理特別是與中醫疾病、證候的關係。最後要解決的還是中藥的療效問題，研究結果無非是對療效的闡明而已。
中醫藥對疾病的認識，甚至是一些現代醫藥理論對疾病的認識同樣存在多因一果的問題，即認爲不少疾病並不是一種原因造成的，治癒一種疾病很多情況下也不是一種治療方法或一種藥物能夠完成的，患者同時患有其他多種疾病的現象很常見。現代醫藥多是將單因素研究的藥物進行聯合應用，本身缺乏充分的研究基礎，而中醫藥往往將其歸納爲一個“證”。中藥的特點就在於多種物質作用於多個靶點，辨證施治，困難就是多種物質和靶點的不清晰，辨證施治是理論與實際相結合的變化過程，這個過程很難以一種試驗方法來驗證。而中藥具有療效是這種認識的邏輯起點，不可否認中藥具有療效，問題的關鍵在於是否已經正確地認識了它的療效？
從某種意義上說，中成藥不能代表中藥，至少不能代表中醫藥理論的核心和特點，甚至其是否屬於傳統中藥都尚需討論。比如，傳統的臨牀中藥離不開臨牀辨證、因人施治，其間的變化和差異很大，非中醫醫師是不能開出臨牀處方的，但現在相當數量的中成藥爲非中醫醫師所使用，沒有中醫藥理論，不知道處方和劑量，當然不能達到因人施治的目的。本草物質組計劃的基本設想是一切處於“假定不變”的前提之下，但實際上，疾病及其發展過程是千變萬化的。以六味地黃丸爲例：其功效爲滋陰補腎，用於腎陰虧損，頭暈耳鳴，腰膝痠軟，骨蒸潮熱，盜汗，遺精，消渴。據說可以應用的病種超過100個，其“靶點”之多難以盡數，它到底能夠治癒何種疾病？能夠緩解何種疾病的症狀？應該用在疾病的哪個階段？還是應全程適用？六味地黃有多種口服劑型，工藝各不相同，但爲什麼都摺合爲相同的處方飲片劑量？不同的疾病使用這些飲片，效果有何差別？這些問題都有待論證。#p#副標題#e#
本草物質組計劃意在開創一條實現中藥現代化的道路，而現在實際上亟需解決的是中藥“現實化”的問題。《中國藥典》中對中藥功效的歸納是基於“水煎煮”這一方法的，在此以外如何描述中藥的功效尚無通說。中藥面臨的困惑是：技術要求離西藥越來越近，在各種評價和審評中引入大量的現代醫學、藥學標準進行評價，甚至評審工作也主要由現代醫藥人員來擔任，一些具有中醫藥特質的項目、課題遭到批判和否定，這些反過來卻被認爲是加快了中藥的現代化研究步伐。
讓世界瞭解中藥、接受中藥是一件造福人類的好事，有人質疑中藥也不需要因此而寢食不安，關鍵是應該把中藥的事做好，即做好自己的事，首先造福中國人民，這是第一位的。就中成藥而言，已經上市的產品有幾千種，現在應繼續說明那些藥品可以被認爲是中藥，有什麼效果，怎樣製備才合理，能夠控制什麼檢測指標，不能檢測的如何控制質量，治療何種疾病，以及可行的中藥評價模式是什麼等，其意義可能大於對中藥爲什麼能治病的解釋。如果不能說明以上問題，可能就應該將相當數量的中成藥從市場中清理出去。
