導致克羅恩氏病的原因目前未知，一些科學家懷疑是因爲細菌比如分支桿菌菌株的感染，可能會導致克羅恩氏病。然而，迄今爲止，仍然沒有足以讓人信服的證據表明，克羅恩氏病是由於細菌感染引起的，因爲克羅恩氏病是不會傳染的。雖然飲食有可能會影響患者的症狀，但是飲食並不可能爲克羅恩氏病的患病負主要責任。
在炎性腸病中，激活免疫系統的腸子是很重要的。免疫系統由免疫細胞和免疫細胞產生的蛋白質組成。通常來說，這些免疫細胞和蛋白質能夠保護我們的身體免受有害細菌、病毒、真菌和其他外來物質的侵略。激活免疫系統會導致嚴重組織內也發生激活。
正常情況下，免疫系統只有在身體內出現有害侵略物質的時候纔會被激活，然而，在有些炎性腸病中，免疫系統會在沒有察覺到有害侵略物質的時候反常地慢性地被激活。免疫系統持續的異常激活的結果就是導致慢性炎症和潰瘍。容易異常激活的免疫系統是由於基因遺傳，因此，有炎性腸病的人的第一級親屬（兄弟、姐妹、子女和家長）更容易患上這些疾病。最近，一個被稱爲NOD2的基因已經被確定爲與克羅恩氏病有關。這個基因對於在確定身體如何迴應一些細菌的產物上是很重要的。在這種基因突變的人中，更容易患上克羅恩氏病。
其他基因的發現和研究對於瞭解克羅恩氏病的發病原理方面也是很重要的，包括吞噬細胞的相關的ATG 16 /1基因和免疫相關鳥苷三磷酸酶 ，這兩者都是對研究巨噬細胞的缺點和辨認全基因組關聯很有貢獻的。就這一點而言，也有研究表明，在克羅恩氏病的患者的腸道中，某種類型的細菌的含量較高，大腸桿菌可能在其發病原理中扮演這一定的角色。一個假設的機制中，消除大腸桿菌可能是由一個腸粘膜的細胞中基因決定的。確切來說，這些不同的因素在克羅恩氏病的發展上的作用仍然是不明確的。（實習編譯：黃明芳 審校：邱天華）
