嚴格劃分的話， 艾滋病在臨牀上分爲3期：艾滋病病毒感染、艾滋病相關綜合症和艾滋病階段。在最後一個階段，突出的表現是致病性感染、惡性腫瘤的發生以及找不到原因的細胞免疫缺陷。
一般說來，從感染艾滋病毒，到艾滋病發作並去世之間，患者通常有10年左右的潛伏期。在潛伏期階段，患者不會有任何臨牀上的不適，他們可以沒有任何症狀地生活或工作。但需要注意的是，他們此時已經具備了傳播病毒的條件，他們的血液、精液、YD分泌物、乳汁、臟器中都含有艾滋病病毒，具有傳染性——雖然在外觀上與正常人沒有區別。
人類天生具有免疫功能，因此，當遭受細菌或病毒的侵襲時，只要免疫功能正常，也可以自行痊癒。艾滋病病毒攻擊的正是人體免疫系統的中樞細胞：T4淋巴細胞。在貌似平靜的潛伏期內，狡猾的艾滋病毒在人體細胞內進行着瘋狂的自我複製，直到他們的數量遠遠超過人類自身免疫系統可以招架的範圍，使人體喪失抵抗各種疾病的能力。
進入發病期後，即使普通的細菌感染，都足以使免疫系統非常脆弱的機體接近崩潰。衆所周知的是，艾滋病的醫學全名是“獲得性免疫缺陷綜合症”，也就是說，艾滋病病毒攻擊的對象是我們的免疫系統，而並非人體本身。事實上，根據屍檢結果，有90%左右的艾滋病患者最終都是死於其他疾病，如肺炎等。
隨着人體免疫力的降低，人會越來越頻繁地感染上各種致病微生物，而且感染的程度也會變得越來越嚴重，最終會因各種複合感染而導致死亡。不過，由於每個人自身抵抗力不同，潛伏期的長度也會因人而異，目前已知最幸運的一位病毒攜帶者，攜帶了20年也沒有發病。
