雖然隱形眼鏡相對框架眼鏡來說省去了很多麻煩，但是爲了保證眼睛健康和視力，日常的隱形眼鏡清洗和消毒是很重要的。
如何清洗隱形眼鏡
1、鏡片不可放在生理食鹽水中保存。生理食鹽水沒有殺菌作用，用來保存鏡片，容易滋生細菌，造成眼睛的感染。
2、一定要用手搓洗鏡片。如同一般髒衣服若沒有經過先搓洗，直接丟入洗衣機，是無法去除頑垢的道理一樣，隱形眼鏡一定要經手搓洗30秒以上，纔可達到清潔效果。研究報告指出，由手搓洗鏡片，比任何機器更能有效去除鏡片上的雜質及沉澱物。另外，自來水或開水沒有清潔消毒作用，不可用來清洗隱形眼鏡。
3、不同廠牌的隱形眼鏡， 不可交互使用。因爲各廠牌藥水種類成分不同，不可混合使用或隨意更換，以免起化學作用，傷害鏡片。其實，目前爲止，眼科醫師均認爲，並沒有任何一種隱形眼鏡藥水是完全沒有副作用的。
加熱消毒法不會造成化學藥劑殘留的副作用，但加熱方式易減少鏡片壽命；多功能藥水簡單方便，雙氧系統的殺菌力最強，但是兩者的清潔功能較差。
傳統式清潔、沖洗、浸泡分開使用藥水的方法雖然麻煩，卻是目前醫師認爲較安全的清潔保養程序。
4、每1～2年更換新的隱形眼鏡。再完美的清潔保養方式，仍然會有少許微生物殘留在鏡片上。即使不常使用，鏡片材質經過1～2年後，自然變得老舊，此時應丟棄換新，以免傷害眼睛。
5、隱形眼鏡配戴前，先衝生理食鹽水。因爲隱形藥水多爲化學制劑，直接戴在眼睛上容易造成刺激，最好先用生理食鹽水衝乾淨再戴。
6、每週固定去蛋白。蛋白質吸附在鏡片上，日久會形成一片厚牆般，易刮傷眼角膜。酵素片的去蛋白作用，可以分解蛋白質結構，維持鏡片表面的清潔。
成分中含有酵素（enzyme），才具有去蛋白的效果。市面上仍然沒有任何一種消毒藥水，可以完全取代每週的去蛋白工作。
此外，去蛋白酵素片並非浸泡愈久效果愈好。最好不要浸泡超過12小時，林思源醫師解釋，因爲經分解後的蛋白質重新滲入鏡片，牢牢吸附，屆時更難清洗。
7、藥水也有使用期限。藥水拆封後，最好在4個月內用完或丟棄換新，以免藥水變質。生理食鹽水拆封後，因不含防腐劑，使用期限最好不要超過1個月。
8、眼睛紅，最好先取下隱形眼鏡。只要眼睛有發紅、畏光、流淚等不適情形，最好立即取下隱形眼鏡，並且帶着隱形眼鏡一起去給醫師檢查，看看是哪裏出了問題。隱形眼鏡族的眼角膜通常比較脆弱，大部份的人都是拖到視力模糊時纔來就診，這時視力已經受到相當損傷。
9、隱形眼鏡不可以長期浸泡在藥水中。長時間的浸泡，藥水失去消毒能力，還原成爲普通水，反而變成滋生細菌的溫牀。通常2天要更換一次新的浸泡液，但有些藥水可以密閉保存一星期，需視藥水本身的成份而定。配戴前一定要重新消毒清洗一遍。
10、定期更換隱形眼鏡的保存盒。專家建議，每天都應該沖洗清潔保存盒及放置鏡片的籃子。此外，每週用熱水燙過、中性洗劑清潔、晾乾；半年左右換一次保存盒和鏡片籃。最好不要放浴室，因爲潮溼容易發黴。
11、半年一次送原廠保養。通常眼鏡行是將所有的眼鏡放在一起清洗，易有感染之虞。只要個人將日常清潔保養工作做好，每週固定去蛋白，僅需半年送回隱形眼鏡公司原廠做保養一次即可。
12、雙氧消毒系統，一定要中和後纔可使用。雙氧消毒系統因使用3％的過氧化氫（跟一般外傷用的雙氧水一樣），一定要用白金環或中和片後纔不會造成眼睛灼傷。像是白金環的中和效果會隨使用次數遞減，建議每次換新藥水時，同時更換白金環。另外，高含水量的拋棄式隱形眼鏡，不宜用雙氧消毒系統，鏡片會變形。
日常清洗隱形眼鏡的注意事項
1、在清潔與消毒隱形眼鏡前，一定要用肥皂流動水洗淨雙手，且注意不留長指甲，以免手上細菌污染鏡片及指甲對鏡片的刮傷。
2、在消毒前應先清潔鏡片，正確的方法是：將鏡片的內弧向上置於掌心，滴數滴清潔液或護理液於鏡片上，用食指指腹由中央往四周輕輕揉洗至少20秒（約可去除90％細菌）。
3、將清潔後的鏡片用無菌生理鹽水沖洗乾淨後置於鏡片盒內浸泡消毒4－6小時以上，然後用無菌生理鹽水沖洗以去除殘留藥液後戴用。如不戴用，鏡片應浸泡於保存液內保存。
4、清潔液與消毒液都不應重複使用，對超過保存期的藥液要丟棄。
5、存放隱形眼鏡片的鏡盒或旋轉器在使用後應風乾再收存，每週定期用牙刷沾清潔劑刷洗死角，並以70－80°C溫水消毒。
6、當更換藥液品牌時須將鏡片用滅菌生理鹽水浸泡2小時以上，以避免不同藥液間的反應。注意切不可用冷開水代替生理鹽水使用。
7、不要將不同品牌的消毒液與清潔液混合使用。
8、仔細閱讀清潔液或消毒液使用說明，注意適用範圍、使用方法、保質期等，軟式隱形眼鏡只適於用軟式隱形眼鏡清潔、消毒液，硬式隱形眼鏡只適用於用硬式隱形眼鏡清潔、消毒液。
9、必須使用隱形眼鏡專用清潔液與消毒液。完全按照使用說明的方法與步驟來進行。
如何選擇護理液
很多人都認爲，隱形眼鏡的含水量越高，戴起來就越溼潤，但事實上高含水的鏡片爲了保持自身固有的含水率，就會和角膜爭奪有限水分，比低含水的鏡片更加容易造成眼乾。高含水鏡片還會吸附更多的淚液蛋白，所以一般使用壽命都很短，所以市面上的高含水鏡片，幾乎清一色都是拋棄型。
不要認爲殺毒能力越強的護理液越好，把所有細菌都殺死的就是最好的。好的隱形眼鏡護理液應該力求在殺菌的同時，不損傷眼部的“生態環境”，使眼部的菌羣保持平衡，否則可能導致角膜上皮細胞的損傷。
不要以爲很多護理液所謂的“免揉搓”功能真的可以管用。這種護理液只能完成眼鏡表面的消毒，而很多隱藏在淚液蛋白中的細菌是殺不掉的，所以無論你是怎麼的免揉搓，也不可能像把鏡片正反兩面輕輕按同一來回方向揉搓10秒鐘以上清洗得乾淨。此外，爲了預防黴菌，隱形眼鏡配戴者也應該按照正確的鏡片清洗程序，減少對鏡片的污染。用護理液沖洗和保存鏡片之前，沖洗每一鏡片的正反面至少各5秒鐘。
