一、組織病理學：
正常的結膜上皮有一層不規則的表面，CLPC表現爲覆蓋在乳頭上的結膜上皮增厚，不規則地陷向基質，局部的杯狀細胞數量減少，但是乳頭間陷窩、粘液分泌因子增生肥大。正常細胞形狀發生改變，細胞大小不規則，絨毛扁平粗糙，CLPC患者的組織病理學研究表明，中性粒細胞、嗜酸粒細胞、巨噬細胞和嗜鹼粒細胞數量增多。
二、隱形眼鏡沉澱膜
任何一種隱形眼鏡在戴入眼睛後都會形成一層複合的沉澱物膜，該膜的形成相當迅速。嚴重的鏡片沉澱膜的存在是巨乳頭性結膜炎的一個特徵，隨着症狀的明顯化，鏡片的沉澱膜越來越嚴重，患者將無法使其保持清潔。沉澱在鏡片表面的變性蛋白質，特別是融菌酶蛋白，會起特異性免疫抗原作用。
三、病理生理學分析
目前的觀點認爲，CLPC的病理生理爲：鏡片覆蓋沉澱物產生抗原刺激，引起淚液免疫球蛋白的產生，如IgG、IgE，如果嚴重的話，出現IgM，補體系統被激活形成C3A過敏毒素。除IgG、IgE和IgM外，補體C3A過敏毒素能與巨噬細胞和嗜鹼粒細胞作用，引起血管活性胺的釋放。
此外，沉澱物覆蓋的鏡片引起結膜機械損傷釋放中性粒細胞趨化性因子，中性粒細胞趨化性因子將吸附各種細胞如嗜酸粒細胞、巨噬細胞、嗜鹼粒細胞、淋巴細胞和基質細胞，這些細胞又與IgG、IgE和C3A作用，結果使血管活性胺釋放，產生症狀並進一步引起鏡片的沉澱物。如此惡性循環，導致了CLPC的發生和加重。
