自從有了轉基因食品以來，對於轉基因食品的爭議就沒有停止過，目前對於轉基因食物來說，還處在起步階段，因此一些動物實驗等做的還不是很到位，到目前爲止誰也不敢說食用轉基因食品能夠確保對人體無害，因此在這裏建議大家最好不要吃，吃一些生態的，綠色的食品，避免給自己的身體帶來危害。
生物富集說不清
食物鏈中有益物質的富集或有害物質的集聚對上一級生物的健康極爲關鍵。目前，轉基因作物大多用於飼料，這類轉基因生物加入其原來沒有的抗病蟲害基因或抗雜草基因，其本體會有哪些富集變化，被家畜富集後又會怎樣，人食用後會產生什麼影響等問題，尚缺少全面系統的科研結論。
藥食關係說不清
利用轉基因技術可建立動物藥庫和植物藥庫，如吃一個西紅柿就能預防乙肝。但這種轉基因藥物對人體有無風險仍需進行長期研究監測才能說得清。
生態影響說不清
轉基因生物具有自然生物所不具備的優勢，若被釋放到環境中，可造成原有的生態平衡被打破，改變物種間的競爭關係。
基因污染說不清
轉基因生物造成的基因漂移可能會破壞野生生物的遺傳多樣性。例如轉基因作物花粉隨風飄散，由此造成的基因污染將防不勝防。
目前在我國轉基因食品越來越多，也存在着很大的濫種問題，這對於食品安全來說危害是很大的，因此我們國家的食品安全機構應該負起責任，避免因轉基因食品問題帶來的危害，另外在食品標註上應該更加規範，這樣人們就有了選擇吃，也有選擇不吃的權力。
