1、病理檢查和細菌培養
可幫助診斷和指導治療。
2、從病史上判斷內口的位置
如有多個外口，首先應瞭解到哪一個外口是先發生的。往往從第一個外口用探針探查，可以通過主管而找到內口。
3、碘油造影
從肛竇外口注入30%～40%碘油或12.5%碘化鈉溶液，然後攝片。可見瘻管深淺分支與鄰近器官的關係。此法多用於高位複雜性肛瘻，一般肛瘻不作爲常規檢查。
4、肛門鏡檢查
用雙葉肛門鏡張開肛門，可見內口所在肛竇紅腫、發炎、變深，用鉤狀探針輕輕探查，不難找到內口。
5、根據外口與肛門的距離來判斷內口的部位
經過肛門中部畫一橫線，如外口在橫線之上，離肛門不超過5cm，其內口在肛門齒線上與外口相互對應;如外口距離肛門超過5cm或外口在此線之後，這些瘻管多數是向後彎曲的，內口常在肛管後中線上。
6、染色檢查
本法尋找內口準確，臨牀上有重要價值。
具體方法是：
先將鹽水紗條放入直腸，再用1%雙氧水加龍膽紫液，或用1%亞甲藍溶液，從瘻管外口注入，觀察內口有無染色液流出，跟據紗布染色的位置，即可判斷內口位置。如紗布條無染色，也不能肯定無內口。管道彎曲，受括約肌收縮影響。被膿液阻塞，或內口暫時閉合，使染色溶液不能通過內口，無法染色於紗布。手術時應加以注意。
7、探針檢查
主要探明瘻管走行方向、深淺和內口的位置。探查直瘻時，將探針從外口伸入，食指深入肛管，指尖按在可疑內口處，探針從內口探出。若彎曲瘻管或複雜的瘻管行徑彎曲，探針不易探過，可用銀製細軟探針探查。探查不可用力太猛，以免造成假瘻道和假內口。
8、通過觸診可以幫助瞭解內口的位置
肛門周圍膿腫破潰或切開排膿後，大約經過2～3個月形成瘻管管壁。如果瘻管位於表淺部位，通過觸診可以觸到條索走行，順着向肛門走行的條索，可以發現內口的部位。如果在肛門外觸診沒有觸到條索，常常說明瘻管管道較深，可通過肛門內指診，在肛管直腸環的部位可以觸到病變的較大瘢痕或條索狀瘢痕，在瘢痕部位的隱窩處。常爲內口部位。
