腎結石的主要表現是與活動有關的疼痛和血尿，因此腎結石患者除了會出現腰腹部疼痛之外，另一典型的症狀就是血尿。
由於結石會直接損傷腎和輸尿管的黏膜，所以腎結石患者常在劇痛後出現鏡下血尿或肉眼血尿，以後者居多，大量肉眼血尿並不多見，其血尿的嚴重程度與損傷程度有關，體力活動較多時，如勞動、運動、騎馬和乘車後血尿可加重。腎結石患者尿中可排出沙石，特別在疼痛和血尿發作時，尿內混有沙粒或小結石。
當患者爲雙腎結石時，由於雙腎結石對粘膜損傷較重，故常有肉眼血尿，疼痛和血尿相繼出現是腎和輸尿管結石的特點。但血尿一般較輕，有時肉眼不能看出，但幾乎每個病例都能在顯微鏡下見到從少數到多數紅細胞，因此尿的顯微鏡檢查很重要，這也是雙腎結石的症狀。
此外，腎結石患者還可出現膿尿。腎和輸尿管結石併發感染時，患者的尿中會出現膿細胞，也有些患者會因此出現腰痛，同時會伴有高熱。臨牀上，很多患者都會出現腰部或者是腹部疼痛，對於女性患者來說，主要是會沿着輸尿管大腿內側、外陰部等處放射，而男性患者則往往是以睾丸和陰莖處最爲嚴重。有的患者被診斷爲腎盂腎炎，作尿路X線檢查時才發現結石。
