藥物的治療遵循“簡而精”的原則。由於目前可選擇的肝炎藥物實在多得難於勝數，患者本人很難對這個藥物的海洋有深入瞭解，所以用藥應該有專科醫生的指導。在這裏，有必要說明一下，肝炎專科醫生必須是對疾病和各類藥物都有深入瞭解的大夫，而不是僅僅爲推銷某一種（或幾種）藥品的藥品推銷商。目前還沒有一種藥物（或療法）可適用於所有的乙肝病人，而必須針對每一個乙肝患者的具體病情，深入分析後製訂個體一化的治療方案，方能取得較好的療效。
如何正確使用乙肝藥品
我們還應該知道急性肝炎與慢性肝炎的用藥是不同的。由於急性乙肝的病程經過有很大的自限性，所以治療應該簡單一些，以保護肝細胞和促進黃疸消退爲基本原則，不能進食或食慾很差的患者可適當靜脈補液，輔以維生素的補充。由於大多數藥物的代謝都在肝臟進行，過於繁雜的用藥，勢必加重本來已有病的肝臟負擔。
慢性乙型肝炎的治療主要包括兩個方面：保護肝細胞的治療和抗病毒。保護肝細胞可選用各種具有降低轉氨酶作用的製劑。臨牀上常用的降轉氨酶藥物有聯苯雙酯及五味子製劑、垂盆草、山豆根和甘草製劑等。對那些活動性肝炎以及病毒複製指標（如HbsAg和/或乙型肝炎病毒DNA）陽性的患者，可考慮使用抗病毒藥物治療。抗病毒治療的目標爲抑制HBV複製，改善肝組織病變，防止肝硬化和肝癌的發生。由於乙型肝炎病毒的抵抗力很強，抗病毒治療必須要堅持足夠的療程，至少在3—6個月以上，推薦12個月。
在抗病毒方面，有干擾素（主要是α 干擾素）、蛋白酶抑制劑（如拉米夫定）和核苷類似物（如泛昔洛韋）等;在免疫調控方面，有胸腺素（肽）、各種多糖類等。這些藥物都應該在專科醫生的指導下使用。
