一般認爲肛瘻是肛門直腸周圍膿腫的後遺症。而肛門直腸周圍膿腫95%是因肛門腺感染引起，大致引起的原因有以下幾種：
（1）肛門周圍膿腫：主要因污染糞便滯留肛隱窩，引起肛腺炎，導致肛門周圍膿腫，是肛瘻形成的主要原因。
（2）直腸肛門損傷：外傷、來自消化道的骨性異物、金屬、肛表及肛門窺器檢查損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起肛門周圍膿腫。
（3）肛裂：肛裂反覆感染，可引起皮下瘻，也可引起肛腺炎。
（4）會陰部手術：內痔注射過深或手術後感染，產後會陰縫合後感染，前列腺、尿道手術後感染等，均可波及肛門直腸引起膿腫及瘻。
（5）結核：吞嚥細菌或少數血行感染，均可引起結核性肛瘻。
（6）潰瘍性大腸炎：可引起肛瘻。
（7）克隆氏病：可伴有肛瘻。
（8）直腸肛管癌：常伴發肛瘻。
（9）血行感染：如糖尿病、白血病、再生障礙性貧血等，因機體抵抗力下降，常可血行感染引起肛瘻。
（10）其他：淋巴肉芽腫，放線菌病，尾骶骨骨髓炎，直腸、乙狀結腸憩室炎等也可引起肛門周圍膿腫、肛瘻。
