近年來隨着在食管腔內用儀器進行診斷和治療的病例迅速增加。醫源性食管損傷在這類疾病中佔的比例也不斷增大。另外根據食管損傷的部位，又分爲頸部食管損傷、胸部食管損傷和腹部食管損傷。
腔外損傷
腔外損傷主要由於胸部或頸部挫傷，或穿透性槍傷刀傷，並多與胸部或頸部的其他損傷同時存在。腸道結構中的漿膜和粘膜下層，含有抗張力的膠原和彈力纖維，由於食管沒有漿膜層，而不同於消化道的其他部位，使之更易於損傷食管的頸段，後壁粘膜被覆一層很薄的纖維膜，中段僅被右側胸膜覆蓋，下段被左側胸膜覆蓋，周圍沒有軟組織支持，加上正常胸腔內壓力低於大氣壓，這些是食管易於損傷的解剖因素。
用儀器在食管腔內檢查和治療，引起損傷的併發症，主要是食管穿孔，食管穿孔的部位是環嚥肌和咽括約肌連接處的頸部食管，約50%的食管穿孔發生在環咽部三角，這個三角由咽括約肌和在頸椎水平的環嚥肌構成，當有頸骨刺和頸部過伸時，極易被損傷發生穿孔。
腔內損傷
採用腔內醫療器械診斷和治療食管疾病，在當今是相當安全的，但並不是完全沒有危險，食管腔內損傷多發生在用這些器械在食管內或通過食管進行診斷和治療的過程中，採用硬食管鏡發生的併發症，要比纖維食管鏡高，在有膈上憩室、賁門失弛緩症、食管狹窄的病人，但是，合肥鳳凰腫瘤醫院專家指出，這項檢查對醫生的操作要求很高，如果不小心操作則更易發生食管損傷。
