艾滋病起源三種假說
自然說
長期以來，科學家們一直懷疑非洲黑猩猩與HIV有某種聯繫。最先主張非洲起源說是美國國家腫瘤研究所的羅伯特·蓋洛博士，他於1982年提出“艾滋病病原體是逆轉錄病毒”的假說。艾滋病是由逆轉錄病毒引起的，這種病毒大量分佈在中非和加勒比海各國，基於這個假說做出了向歐美傳播途徑的推測。
隨後，美國阿拉巴馬大學的一個研究小組1999年聲稱找到了證據。他們對一隻偶然得到的黑猩猩瑪裏琳的器官組織進行了研究分析，結果他們在這隻黑猩猩的組織中發現了SIV。SIV與HIV同屬靈長類免疫缺陷病毒，科學家們認爲SIV是HIV的祖先。
此後，法國巴斯德研究所的科研人員也宣佈，發現了被SIV感染的黑猩猩。
醫源說
1999年，美國新聞記者愛德華·胡珀出版了一本名爲《河流》的書，向人們披露了一個艾滋病是40多年前通過接種小兒麻痹疫苗開始在人類中間傳播的隱情。書中指出，20世紀50年代末期，位於美國費城的威斯塔研究所曾經使用黑猩猩的腎臟生產了幾批小兒麻痹疫苗。在1957年到1961年之間，這些疫苗被用於預防接種。據估計，大約有100多萬非洲人接受了接種。因此胡珀斷言，艾滋病就是從此開始在人類中傳播的。但胡珀的猜測遭到了很多科學家的駁斥。兩位曾在威斯塔研究所從事過非洲疫苗試驗的科學家否認他們在生產疫苗的過程中使用過黑猩猩的器官組織。威斯塔研究所更是於2000年找到了當年生產的疫苗樣本，並邀請英國、法國、德國的同行對樣本進行了分析，結果沒有發現任何黑猩猩或是HIV的蹤跡。
人爲說
人爲說的觀點不夠統一。有人認爲HIV是基因工程帶來的災難，還有人認爲HIV是生物武器或某些人企圖進行種族滅絕、建立“世界新秩序”的產物。
日本神奈川縣立醫院內科主任永井明就認爲艾滋病病毒是人爲的產物。1969年間，美國東部馬薩諸塞州新英格蘭地區的猴園出現SIV，接着西部的加州大學洛杉磯分校的靈長類研究所也集體發生了猴子感染SIV的怪狀。因此他認爲，這顯然是進行某種病毒的動物實驗造成的結果。他還指出，從時代背景來看，遺傳工程正迅速發展，與生物武器的對象從細菌變爲病毒的時間剛好一致。作爲實驗對象，非洲綠猴很可能被使用，因此綠猴的艾滋病很可能是美軍生物戰研究中心實驗過程中出現了基因重組繼而產生的新品種病毒。
人類是如何找到艾滋病毒源的
哈恩對HIV-1病毒來源的研究工作已經進行了十餘年，在喀麥隆政府積極配合下終於邁向了成功。
解開HIV-1病毒起源謎團是一件很艱苦的工作，科學家們僱傭探索者穿越中西非的密林，收集野生黑猩猩的新鮮糞便，共採集了1300多個樣本。
在這之前，科學家花了七年的時間研究出，在不傷害瀕危黑猩猩的情況下，從基因方面來追溯HIV-1病毒最原始類型的檢測方法。
儘管研究人員在相當長的一段時間裏都懷疑艾滋病病毒(人體免疫缺損病毒HIV)是黑猩猩通過某些途徑將一種相近的病毒———猿免疫缺損病毒SIV———傳播給人類後形成了人體免疫缺損病毒，但在捕捉到的黑猩猩中卻只有很少數量被發現攜帶猿免疫缺損病毒。
在這項研究中，哈恩和她的科研小組首次採用分子流行病學，調查中西非野生黑猩猩攜帶SIV病毒的情況。通過分析黑猩猩排泄物樣本，哈恩和她的同事們發現了在一些黑猩猩羣體中，有35%的黑猩猩攜帶着SIV病毒，並檢查出這些黑猩猩同時體內具有特效的抗體和核酸(過濾病毒遺傳信息)。
科學家證實當今流行的HlV-1起源於喀麥隆的黑猩猩。
伯明翰阿拉巴馬大學的研究者們通過分子無性繁殖，排列出了4只黑猩猩的過濾病毒基因序列。研究組中的博士後研究員布蘭頓·基爾說：“這使得艾滋病病毒與其相近病毒的基因對照成爲可能。而且發現這些受到感染的野生黑猩猩也能夠讓我們探尋自然歷史和黑猩猩SIV病毒的自然傳播情況，也讓我們知道，SIV病毒爲什麼會轉移到人類身上。”
哈恩說，每一個感染病毒黑猩猩個體都有一個共同的基本基因模式，這可以顯示出它們共同的病源。HIV-1有三種類型，感染給人類的病毒是導致全世界艾滋病爆發的主要病源。哈恩的基因分析結果表明，喀麥隆薩納加河附近的黑猩猩羣體中的病毒源與人類的HIV-1病毒非常相近。哈恩說：“近似程度令人驚訝。”通過對黑猩猩感染的SIV病毒基因序列的分析，證明生活在非洲的四類黑猩猩中，到目前爲止，僅有兩類被其相應的SIV所感染。而當今所有流行的HIV-l就起源於生活在中西非國家喀麥隆的黑猩猩。
科學家們仍不能確定SIV是如何從黑猩猩傳播給人類的。
已知的首位感染HIV-1病毒的是一名來自剛果金沙薩的男子，這名男子的血樣在1959年被收集儲存起來供醫學研究，但直到上世紀80年代初科學家發現這種病是HIV-1病毒引起的。據人們的猜測，喀麥隆某個村子的人可能被大猩猩咬傷或者在屠宰大猩猩時感染了病毒，這個人隨後又將病毒傳給了別人。由於薩納加河長期以來是一條重要的商業水路，一個病毒感染者最終將這種病毒傳播到金沙薩。
哈恩稱：“我不知道在最初的階段有多少人感染了病毒，可能是1個人，也可能是10個人，也可能是100人。最終病毒被傳播至城市地區，並在城市得到了快速的傳播。病毒在人類身上傳播時變得極具殺傷力，但事實上黑猩猩們卻很少受到SIV病毒的傷害。”
哈恩教授在90年代初提出了艾滋病病毒的一種HIV-2病毒從猴傳播給人類的可能性。當時從人類體內分離到SIV類似病毒，爲HIV-1起源於猿艾滋病病毒提供了最有說服力的證據。
雖然對HIV-2的起源有了比較明確的結論，但傳播更加廣泛的HIV-l的起源問題一直是一個未解的謎。雖然科學家普遍認爲HIV-l同HIV-2一樣起源於相類似的猿病毒，可是一直缺少明確的證據。
