複發性口腔潰瘍首先與免疫有着很密切的關係。有的患者表現爲免疫缺陷，有的患者則表現爲自身免疫反應，也就是由於各種因素，使人體正常的免疫系統，對自身組織抗原，產生免疫反映，而引起組織的破壞而發病。
其次是與遺傳有關係，在臨牀中，複發性口腔潰瘍的發病，有明顯的家族遺傳傾向，我們常常看到，父母一方或多方若患有複發性口腔潰瘍，那麼，他們的子女就比一般人更容易患病。
另外，複發性口腔潰瘍的發作，常常還與一些疾病或症狀有關，比如消化系統疾病胃潰瘍，十二指腸潰瘍，慢性或遷延性肝炎，結腸炎等，另外貧血，偏食，消化不良，腹瀉，發熱，睡眠不足，過度疲勞，精神緊張，工作壓力大、月經週期的改變等等。隨着一種或多種因素的活躍、交替、重疊就出現機體免疫力下降，免疫功能紊亂，也就造成了複發性口腔潰瘍的頻繁發作。
