淋巴瘤的病因是大部分淋巴瘤患者和家屬非常關心的問題，事實上，淋巴瘤的病因和發病機制至今不完全清楚，國內外學者主要偏重於病毒學、幽門螺桿菌、免疫功能異常等幾個因素。
在Burkitt淋巴瘤患者中，80%以上的病人血清中EB病毒抗體滴定度明顯增高，而非Burkitt淋巴瘤者滴定度增高者僅14%。滴定度高者發生Burkitt淋巴瘤的機會也明顯增多。均提示EB病毒是Burkitt淋巴瘤的病因。EB病毒也可能是移植後淋巴瘤和AIDS相關淋巴瘤的病因。
70年代後期提出逆轉錄病毒與淋巴瘤發病有密切關係。日本發現成人T細胞淋巴瘤/白血病有明顯的家庭集中趨勢，且呈地區性流行。人類T細胞白血病/淋巴瘤病毒(HTLV1)被證明是這類T細胞淋巴瘤的病因(見白血病)。另一逆轉錄病毒HTLVⅡ近來被認爲與T細胞皮膚淋巴瘤(蕈樣肉芽腫病)的發病有關。Kaposi肉瘤病毒也被認爲是原發於體腔的淋巴瘤(primary body cavity lymphoma)的病因。
胃粘膜低度淋巴瘤是一種B細胞粘膜相關的淋巴樣組織淋巴瘤，幽門螺桿菌的存在與其發病有密切的關係，現考慮幽門螺桿菌是該淋巴瘤的病因。
患者的免疫功能也與淋巴瘤的發病有關。近年來發現遺傳性或獲得性免疫缺陷患者伴發淋巴瘤者較正常人爲多;器官移植後長期應用免疫抑制劑而發生惡性腫瘤者，其中1/3爲淋巴瘤。乾燥綜合徵患者中淋巴瘤發病數比一般人爲高。
