潛伏期（incubation period）是指病原體侵入機體到最初出現症狀和體徵之間的這段時期。
各種疾病的潛伏期長短不一，短者數小時，長者可達數月或數年。如禽類禽流感的潛伏期從幾小時到數天，最長可達21天。人類患上禽流感後，潛伏期一般爲7天以內。非典型性肺炎的潛伏期一般在4-10天，臨牀報告最短病例爲1天，最長有20天，甚至有極個別病例達到28天。一般認爲潛伏期長短與感染病毒的種類或者型別、病毒的致病性、病毒的數量、感染途徑、被感染機體的免疫力以及其他非生理因素等有關。
比如艾滋病病毒，經輸血感染的劑量一般較大，所以潛伏期相對較短，而性接觸感染艾滋病病毒的劑量較小，因此潛伏期相對較長。HBV感染後的潛伏期一般爲20天至6個月，也有報道28－160天，平均70－80天；HCV感染後臨牀表現一般較輕，常爲亞臨牀型，但輸血後感染的潛伏期一般爲20天到6個月，也有資料報道2－26周，平均8周；HIV感染後1到2個月內可能出現急性的症狀和體徵，隨後進入較長期的無症狀期，持續6－15年，平均8－10年，大量輸血的可縮短至1－5年。梅毒的潛伏期一般爲2－4周。
窗口期（window period）指的是病毒感染後病毒出現在血液中直到可以檢出足夠多的相應病毒標誌物（抗原或抗體）前的時期。
在這段時間內，血清中無相應的抗原抗體標誌物。各種病毒的窗口期是不一樣的，一般所稱的窗口期指的是檢測到病毒抗體的時間，但抗原以及核酸檢測同樣存在窗口期，但時間大大縮短。HBV、HCV、HIV的窗口期的時間分別爲56、70和22天，P24抗原的窗口期平均爲15天，而應用核酸技術，可分別將HBV、HCV、HIV的窗口期縮短爲41、12、11天。
相信隨着檢測的病毒標誌物的不同，檢測技術的提高，試劑的更新換代，靈敏度的提高，可大大縮短窗口期時間。
