臨牀表現多種多樣。在生殖器溫度較低而且乾燥部位的損害常常表現爲小而扁平狀，而在溫熱、溼潤部位者常呈絲狀或乳突瘤狀。初起爲細小淡紅色丘疹，後逐漸增大加多相互融合，表面凹凸不平，溼潤柔軟，呈乳頭瘤樣，雞冠樣，草樣，蕈樣或菜花樣突起，紅色或污灰色，根部常有蒂，且易發生糜爛滲液，易出血。皮損裂縫間常有膿性分泌物鬱積其中，致有惡臭，自覺有癢感且每因搔抓而引起繼發感染。由於不斷受到局部潮溼與慢性刺激的作用，往往迅速增長。有的女性患者甚至從外陰至陰道、宮頸等處都長滿了一片毛棘或很多小菜花狀突起，好似玫瑰色的芒刺或雞冠花。溼疣的數目少則數個，多則十餘個，數十個以至百個之多。極少數病人由於治療不及時，使溼疣長得很大，成爲巨大溼疣，可向深部穿透，產生很多瘻管通向尿道或經5-40年惡變爲癌腫。發生在直腸內大的溼疣可引起裏急後重感。當妊娠期體內激素水平劇變時，生殖器的供血豐富，機體免疫功能又有所下降，故生殖器疣的體積也迅速增大，甚至達到阻塞產道的程度。分娩時往往使疣體摩擦撕裂出血，由於其組織脆弱，會給縫扎止血帶來困難。有的溼疣在妊娠末或分娩後可以自然縮小以至消退。一般無明顯自覺症狀，介有瘙癢感，潮溼感或摩擦感。如有繼發感染時可伴有疼痛，陰道和宮頸有損害時表現爲白帶增多或性交後出血。巨大皮疹可引起局部異物感或因摩擦而引起疼痛。性交時症狀可能加重。
部分病例爲亞臨牀感染或HPV病毒攜帶者，無肉眼可見的臨牀表現。孕婦患尖銳溼疣後，人乳頭狀瘤病毒可通過分娩過程傳染給嬰兒，使之發生喉頭疣及引起喉部乳頭狀瘤。即使母體感染後無臨牀症狀，病毒也可通過血液或胎盤傳播給胎兒，所以患有此病的婦女足月妊娠時，以做剖腹產術爲妥。
