前列腺體表面有一層脂質包膜，性前列腺炎因細菌引起炎症刺激，前列腺腺體包膜增厚，許多藥括抗生素很難彌散到腺體內發揮治療作用，因而腺體內達不到有效的抑菌，難以抑殺致病微生物，治療上比較困難，治癒停藥後常易再，故療效較差。此外，前列腺炎並非皆爲細菌感染所致，用抗生素治療也不一定都有效。
在選擇抗生素方面，早在20世紀80年代初國外醫生就介紹，進入前列腺液中的抗生素可分爲高水平、中等水平和低水平，其中高水平組內有三甲氧苄嘧啶、氯林黴素、紅黴素等藥;中等水平組內有氯黴素、林可黴素等藥;其他爲低水平的抗生素。20多年過去了，對選擇藥物進人前列腺又有了新的標準和原則。
一般來說，藥物要能穿透前列腺上皮包膜而形成前列腺內有效治療濃度者，需要遵循一些選擇和應用原則。
1、具有良好的脂溶性
鹼性藥物要能夠滲透進前列腺被膜及前列腺上皮，在腺泡內達到有效治療濃度。這類抗生素如米諾環素。
2、和血漿蛋白結合率低的抗菌藥物
因爲與血漿蛋白結合的藥物暫無生物學效應，不能發揮應用的抗菌作用，只有遊離型的藥物進入到靶器官，如前列腺才能發揮作用。
3、敏感性好的藥物
藥物要求對細菌有較高的敏感性。
4、選用抗菌活性好的藥物
對取出的前列腺液進行細菌培養或選用其他檢查方法，鑑定出病原體，同時應做細菌藥物敏感試驗，這對選用抗菌活性好的藥物和防止濫用抗生素有一定的指導作用。在給予抗菌藥物時應選擇既對典型病原體又對非典型病原體均有作用的抗生素，儘量選擇具有廣譜抗菌活性的藥，同時結合考慮慢性前列腺炎細菌生長速率低，有些抗生素，例如內酰胺酶只對繁殖速度快，處在繁殖期的細菌有效，而對靜止狀的細菌無多大作用。當然也應該看到實驗室高敏的抗生素在臨牀上不一定能取得預期的效果，故應以臨牀療效作爲評判標準而作適時的調整。
5、考慮前列腺組織中抗菌藥物的水平
近年來，許多人選擇喹諾酮類抗菌藥物，這類藥物是一種酸鹼兼性的藥物，具有脂溶性和弱鹼性，在血漿中呈非離子型，在前列腺液酸性環境中呈離子型，對前列腺有極好的滲透能力及較好的生物利用度，口服及腸外給藥具有同等的效果，對典型病原體和非典型病原體均有作用，用藥較安全。
6、聯合用藥
兩種以上並有增效作用的藥物聯合使用，使病原體不致很快產生耐藥性。
7、部分藥物大劑量長期使用
爲使部分藥物在前列腺間質中達到有效濃度並防治尿道感染的發生，應提倡超大劑量和超時限（4～12周）的用藥法。
8、分解係數或解離度高的抗菌藥物
藥物離解後的非電離部分是脂溶性，形成非離子型藥物，可以自由穿透通過前列腺脂膜，帶電部分則爲非脂溶性的，形成離子型藥物，滲透性差，被限制在膜的一側，難以起作用。近年來，文獻中對甲氧氨苄嘧啶（TMP）類藥物有較多研究，認爲TMP易滲入前列腺，對大多數革蘭陽性菌和陰性菌，均具有廣譜殺菌之特點。
