1、水洗可使藥材中含有的水溶性成分流失
不少藥材中含有水溶性的糖和甙類成分，水洗後，這些有效成分必將有一部分溶於水而流失，導致藥效降低，影響治病效果。
2、水洗可使粉末類藥材流失
中藥方劑中有不少藥材是粉末狀的，有的在配藥時還要研碎，如龍骨、牡蠣、滑石粉、桃仁等，如果先用水洗一遍，必然會造成這些藥物的損失，影響療效。
3、水洗可使部分藥材輔料流失
有的藥材如醋制元胡、蜜炙麻黃、酒制大黃、膽南星等，炮製過程中加入了蜜、醋、酒、膽汁等輔料，而這些輔料都是易溶於水中的，若用水洗，會導致部分輔料流失。
雖然中藥不能水洗但是在煎煮中藥前先加冷水浸泡30分鐘至一小時，讓水分能浸透藥物，使藥物的有效成分先溶解一部分在水裏，以使其能充分煎出。
中藥材大多數是以植物爲原料，有不少植物藥內含有蛋白質和澱粉，如果立即煎煮，那麼蛋白質遇熱就會發生凝固，澱粉也會糊化，這樣就會妨礙有效成分的煎出。
