手術方式如下：
保守性手術：
主要用於年青要求生育的患者，保留子宮及附件，至少保留一側附件。主要爲切除病竈，分離粘連，重建卵巢，修復組織。近幾年應用顯微外科手術切除異位竈，仔細縫合創面，重建盆腔腹膜，避免粘連，仔細止血，徹底沖洗，提高了手術成功率，保持手術後妊娠率爲60%一80%，複發率爲27%～40%。
①腹腔鏡下手術：目前國外普遍採用腹腔鏡下應用電凝，燒灼和切除術治療內異症。腹腔鏡下應用特種設計的刀、剪、鉗等進行手術操作。1979年Bruhet和Tadir等爲243例內異症行腹腔鏡治療，通過裝有電視攝影，放大和控制設備的腹腔鏡進行診斷及病竈切除，氣化和分割粘連等治療，不用縫合以減少手術後的粘連，妊娠率爲69．1%，治癒率爲74．7%。
國內應用腹腔鏡穿刺治療卵巢內膜異位囊腫、經腹腔鏡穿刺吸出囊液，生理鹽水沖洗，術後加用藥物治療、其優點爲手術創傷小，如復發後再次保守手術較易成功，且穿刺對保留生殖腺具有更大把握。其缺點爲穿刺術後的妊娠率低於剝出術，對多發性囊腫難以逐個穿刺，如囊腫周圍粘連嚴重，解剖不清，宜慎重。
B超下進行卵巢內膜樣囊腫穿刺術，方法同上。
剖腹保守性手術：應用於腹腔鏡下難以處理的病竈和粘連，則需開腹手術，分離粘連後行卵囊剝出術或切除術，其他如輸卵管粘連鬆解術，圓韌帶縮短及子宮懸吊術，骶前神經切斷術等。目前多數學者主張保守性手術後應用藥物治療。術前給藥可以縮小病竈，軟化粘連，有利於手術分離及減少損傷。術後短期用藥有助於消除殘餘小病竈，可提高手術成功率，減少復發，但可抑制排卵，月經週期恢復晚，降低保守術後的受孕率。
半保守手術：
對無生育要求或病情需要切除子宮而較年青者，儘可能行保留卵巢功能的半保守性手術。以免術後出現絕經期綜合徵，一般都認爲半保守性手術複發率低，後遺症少。
根治性手術：
當病情嚴重，年齡較大，應選擇根治性手術，即全子宮及雙側附件切除術，術後絕經期綜合徵發生率高，但無復發。
