一、卵巢過度刺激症候羣（卵巢漲大、腹水、腹漲、腹痛、脫水、寡尿《小於500ml/日》）需治療，若延誤會有心、肺、腎衰竭，甚至血栓症危險，發生率1～5％。
二、多胞胎妊娠，發生率20％（易早產，需減胎至雙胞胎）。
三、卵巢扭轉，會有急性腹痛，發生率小於1％，嚴重者需手術。
四、未定論的合併症－卵巢癌。
卵巢癌似乎和一個女人一生排卵次數有關係，但是進一步研究仍正努力澄清這關係。
美國不孕症生殖學會目前認爲不孕症使用排卵藥物是合理的，特別是考慮到懷孕及餵母乳確實會降低癌症機會，懷孕一次排卵次數可減少約12次（480次變爲468次）。
五、施打排卵針劑的部位疼痛，熱敷、按摩或多走路有所緩解的效果。
以上五點和施打排卵針劑有關。
另外常被問到的問題是：
一、試管嬰兒是否較易流產？──懷孕後流產率13％（與正常懷孕流產率相同）。
二、子宮外孕發生率較高？──子宮外孕發生率2％（正常懷孕子宮外孕率約爲1％）。
三、胎兒畸形發生率較高？──胎兒畸形發生率1～3％（與正常懷孕相同）。
