引起習慣性流產的原因也比較複雜，人們只對部分病因及發病機制認識比較深入，除此之外，還有40%左右的習慣性流產原因不明，這其中70%左右疑爲免疫因素所引起。免疫因素造成習慣性流產的原因是：胎兒是一個既帶有母系遺傳基因又帶有父系遺傳基因的新的個體，在母體子宮內生長髮育直至分娩，胎兒與母體存在着免疫對抗和平衡。一旦母、胎雙方發生免疫不協調，往往可引起母體對胎兒的排斥而導致流產。
一般來說，習慣性流產的女性在準備再次懷孕前，需首先排除非免疫性因素，因爲內分泌功能的異常是可用藥物調整的，而某些染色體異常引起流產則是目前醫學無法解決的，而子宮形態異常、宮腔粘連等問題更要靠手術才能解決。
如果上述檢查均正常，就應考慮進行免疫相關因素檢查了。目前來說以下幾點免疫因素與流產有關：
1、抗磷脂抗體陽性：在自身免疫性疾病、某些感染及藥物的作用下，往往可見抗磷脂抗體，常與中晚期流產有關；
2、封閉抗體缺乏：封閉抗體對胎兒可起到保護作用，當這種抗體缺乏時，胎兒容易招致母體致敏淋巴細胞攻擊而發生流產。
3、人類白細胞抗原（HLA）：習慣性流產者夫婦間的HLA共同抗原比一般人多，這不利於激發母體在受孕後相應足夠的“封閉抗體”保護胎兒。
4、母體免疫平衡失調：如輔助下淋巴細胞增高而抑制性T淋巴細胞下降，會引起母體對胎兒的排斥而導致流產。
5、母體缺乏抗胎兒父方的淋巴細胞抗體。
6、ABO血型不合。如母血爲O型，父血爲A型或B型者，就有可能發生母胎ABO血型不合，引起流產率增高。
綜上所述，免疫與習慣性流產是密切相關的，因此對習慣性流產患者在排除其它病因的情況下，可針對免疫因素進行檢查診治。
