嚥下綜合診斷的重點是：生後未進食已開始嘔吐，嘔吐內容爲綠色粘液，有難產、窒息或過期產史。
腹不脹，胎糞排出正常，可除外先天性食管或腸管閉鎖。吐血量多時需與新生兒自身消化道出血相鑑別，如新生兒應激性潰瘍、新生兒出血症也可有嘔血癥狀。可做APT試驗，取患兒嘔吐物或大便中血性標本，加水攪勻，使之溶血，沉澱後，取上清液5份加1%氫氧化鈉1份。1-2分鐘後觀察，若呈棕黃色，表示血液來自母體，因成人血紅蛋白遇鹼則變性。若呈紅色，表示血液來自新生兒本身，因新生兒血以胎兒血紅蛋白爲主，具有抗鹼性，不變色。經以上試驗，如證明爲母血，可確診爲嚥下綜合徵。
嚥下綜合症產生的原因是，在正常情況下，胎兒在宮內會吞入少量羊水，對胎兒的胃粘膜並無刺激。但在分娩過程中，胎兒如吞入羊水量過多，或吞入被胎糞污染或已被感染過的羊水，或含較多母血的羊水，均可刺激新生兒的胃粘膜，導致胃酸及粘液分泌亢進而引起嘔吐。多見於難產史、窒息史或過期產史的新生兒。
這些嬰兒常於生後尚未開奶即開始嘔吐，吐出物呈泡沫沾液樣，有時帶綠色，爲被胎糞污染的羊水，有時含咖啡色血樣物。開始餵奶後嘔吐常加重，吃奶後即吐出。但一般情況下，無嗆咳，也無發紺等症狀。胎便排出正常，有時可排黑便，大便潛血陽性。一般腹診不脹，看不到胃型或腸型，也無其他異常體徵。通常在1-2天內，將嚥下的羊水及產道內容物以及血液吐淨後，嘔吐即停止。嘔吐重者可用1%碳酸氫鈉溶液洗胃，洗1-2次後，嘔吐即可停止。
