甲狀腺激素在維持女性生殖系統功能正常方面發揮着重要作用，因此甲減對育齡女性的最大影響是導致懷孕困難。有些甲減病情較輕的患者不影響懷孕，但流產或死胎率較高，由此可見甲減對於胎兒的危害。
甲減對胎兒的影響
甲減是可以遺傳的，如果孕婦甲狀腺功能減退，有可能影響孩子智力發育，因此，懷孕女性最好能在發現妊娠時進行一次甲狀腺檢查，如果在懷孕前就已經因爲有甲狀腺疾病而接受了治療，那麼懷孕期間，每6-8周應進行一次甲狀腺的檢查。
嬰兒在出生3-5天后，一般醫院會採嬰兒的足跟血做常規篩查，來篩查呆小症。做了早期篩查，這種病完全可以治療。但如果嬰兒到了6周以上才發現有甲減，再去治療就晚了。
孕婦甲減可造成胎兒嚴重智障，甲狀腺激素是機體正常運轉所必需的，12周內的胎兒發育所需的甲狀腺激素完全來自母體，之後胎兒雖開始自己合成甲狀腺激素但仍需依賴母體來保證激素水平充足。孕婦甲狀腺激素分泌不足會影響孩子生長和智力發育，甚至引發呆小症(智力低下、身材矮小)等。對胎兒影響很大。
甲減到後期很容易和呆小症混淆，地方性的呆小症，胚胎時期孕婦缺碘是發病的關鍵。散發性的呆小症，多由孕婦患的某些自身免疫性甲狀腺疾病引起，明確病因進行預防，母體妊娠期服用抗甲狀腺藥物儘量避免劑量過大，用是加用小劑量幹甲狀腺製劑，並避免其他致甲狀腺腫的藥物。
