其復發的原因有以下幾個方面：
(1)肛門腺處理不當：據近年來的研究表明，肛門腺感染是肛瘻的重要病因，因此，要切乾淨內口，以及內口附近有炎症的肛門腺及肛門腺導管;
(2)內口複雜：即瘻內口二個或二個以上時，尋找內口不完全，導致復發。另外，一些患者因肛門腺感染，又發生了肛周膿腫，導致新的肛瘻;
(3)內口處理不當：絕大多數是因爲內口沒有找準確，或沒有把感染的原發竈即內口徹底清除;
(4)瘻支管及其瘻空腔清除不徹底：即在手術中沒有刮乾淨壞死組織或清除支管，即可導致復發;
(5)合併全身性疾病，如糖尿病性肛瘻，這類患者的肛瘻除局部處理治療外，必須進行降糖治療，只有這樣，纔可能取得良好的治療效果。
(6)術後換藥不到位，創口過早粘合，形成假癒合;
