目前，慢性乙肝的治療是世界性的難題。很多慢性乙肝患者，使用了多種藥物治療，但療效均不明顯，病情總髮生反覆。乙肝之所以成爲頑症，與乙肝病毒的結構、感染方式、免疫特性等因素有着密切的關係。
首先，人感染乙肝病毒後，血液中的乙肝病毒有堅硬的蛋白質外殼。因此，治療乙肝的藥物很難直接對病毒產生作用，必須依賴人體的免疫功能。
其次，乙肝病毒的複製是在肝細胞內進行的，而治療藥物必須是小分子物質才能進入肝細胞內發揮抗病毒作用。乙肝病毒在人體肝臟以外的組織中的潛伏期平均爲９０－１２０天，因此抗病毒藥物要發揮作用，必須要有足夠的療程、系統的治療。
第三，乙肝病毒在某些藥物作用下，會發生病毒基因變異，產生耐藥性或免疫逃避。因而在選擇治療藥物時應當慎重。 第四，乙肝病毒感染肝細胞後，隨着病程的延長，病毒可能與肝細胞的基因產生整合。一旦發生這種現象，治療難度就會明顯加大。因此，乙肝治療必須及時。
此外，乙肝垂直傳播容易形成的免疫耐受。感染乙肝病毒的母親通過胎盤感染胎兒，孩子出生後，由於免疫系統發育不完善，免疫功能不健全，不能有效地識別乙肝病毒，從而造成乙肝病毒感染。再者，乙肝病毒的複製模式不同於一般病毒，會有病毒複製的原如模板形成，並穩定地貯存在肝細胞核內，一般的抗病毒藥對模板無效，因而乙肝患者在停藥後往往發生病情反覆。
