目前對直腸脫垂的發生有兩種學說一是滑動性疝學說：認爲直腸脫垂是直腸盆腔陷凹腹膜的滑動性疝在腹腔內臟的壓迫下盆腔陷凹的腹膜皺壁逐漸下垂將覆蓋於腹膜部分之直腸前壁壓於直腸壺腹內最後經肛門脫出二是腸套疊學說：正常時直腸上端固定於骶骨岬附近由於慢性咳嗽便祕等引起腹內壓增加使此固定點受傷就易在乙狀結腸直腸交界處發生腸套疊在腹內壓增加等因素的持續作用下套入直腸內的腸管逐漸增加由於腸套疊及套疊復位的交替進行致直腸側韌帶肛提肌受傷腸套疊逐漸加重最後經肛門脫出也有人認爲以上兩種學說是一回事，只不過是程度的不同，滑動性疝也是一種腸套疊，只是沒有影響到整圈腸壁而後者是全層套疊。
引起直腸脫垂的因素有以下幾種：
(一)解剖因素
小兒骶尾彎曲度較正常淺直腸呈垂直狀當腹內壓增高時直腸失去骶骨的支持易於脫垂某些成年人直腸前陷凹處腹膜較正常低當腹內壓增高時腸襻直接壓在直腸前壁將其向下推易導致直腸脫垂
(二)盆底組織軟弱
老年人肌肉鬆馳女性生育過多和分娩時會陰撕裂幼兒發育不全均可致肛提肌及盆底筋膜發育不全萎縮不能支持直腸於正常位置。
(三)長期腹內壓力增加
如長期便祕慢性腹瀉前列腺肥大引起排尿困難慢性支氣管炎引起慢性咳嗽等因素均可致直腸脫垂。
