乙型病毒性肝炎的組織損傷主要由於機體的免疫應答所致，但也不排除病毒本身引起組織損傷的可能性。引起肝組織損傷的發生機制有下列4個可能性：
1、急性自限性HBV感染時，受感染的肝細胞膜上由於存在HBeAg、HBtg（現在認爲也包括BBsAg）和HLA.I類抗原的雙重表達而被HBV抗原致敏的、HIA-I類抗-原限制的細胞毒性CD8+細胞（CTL）通過雙重識別作用而導致肝細胞溶解。與此同時，輔助性CD4+細胞通過其表面的HLA一Ⅱ類受體與B細胞上表達的HBsAg、HBcng及HLA-Ⅱ類抗原相結合而被激活，並反過來促進B細胞釋放抗-HBs而達到清除HBV的效果。
2、HBcAg在肝細胞上表達直接引起細胞病變。細胞培養實驗證明，肝細胞上單獨表達HBsng時不產生細胞病變;而表達HBcAg時則產生細胞病變。同樣，在慢性乙型肝炎患者肝細胞上經常表達HBcAg和HBsAg，而在無症狀HBsAg攜帶者的肝細胞-上則僅有HBsng表達。
3、HBsAg在肝細胞內高度表達但分泌不足。在HBsAg轉基因小鼠中觀察到，由於小鼠肝細胞只能表達大分子HBsng蛋白而不能表達小分子}msAg蛋白，因而前-者得不到後者的幫助來分泌出肝細胞外，結果引起肝細胞損傷。這種肝細胞呈現如人患乙型肝炎時肝細胞的“毛玻璃”狀改變。
4、同時或重疊感染其它嗜肝病毒。同時感染HBV和HDV的人，其肝損害較單獨感染HBV者爲嚴重，常導致重型或暴發型肝炎，其發生率遠高於乙型病毒性肝炎。HBV感染者重疊感染任何一種其它嗜肝病毒時，肝損害也明顯加重。
