比較小的尿路結石可以選擇藥物排石，而絕大多數尿路結石可以通過微創的治療方法將結石粉碎並排出體外。如結石直徑小於0.6cm；表面光滑；結石以下尿路無梗阻；結石未引起尿路完全梗阻，停留於局部少於2 周；特殊成分的結石，對尿酸結石和胱氨酸結石推薦採用內科治療。
1）多飲水：每日飲水2000～3000ml，使尿量增加至2-2.5L/24小時。睡前及半夜多飲水，保持夜間尿液呈稀釋狀態，有利於減少結晶形成和排除小結石。
2）改變飲食習慣：包括限制鹽、蛋白質和草酸攝入。每天鈉攝入應控制在3g 以內；蛋白質攝入量控制在0.8-1.0g/（kg.d）。菠菜、紅茶及巧克力等食物草酸含量高，應儘量減少攝入。高尿酸血癥和高尿酸尿時要吃低嘌呤飲食，避免進食動物內臟、魚和咖啡等。
3）藥物治療：雙氯芬酸鈉栓劑塞肛、口服坦索羅辛 （α-受體阻滯劑） 0.4 mg/d，連用2周，可促進輸尿管結石排出。尿酸結石患者可口服別嘌呤醇，常用劑量爲300mg/d，可根據腎功能和臨牀需要作適當增減。口服枸櫞酸氫鉀鈉，每次劑量爲3-5g口服，3次/天，以鹼化尿液維持尿液pH值在6.8-7.2之間，抑制尿酸結石形成。
