肛裂的臨牀症狀表現爲疼痛和出血。其痛很有特點，即先於排便時突發刀割樣疼痛（由於糞便劃破肛管皮膚所致），然後短暫緩解，繼而出現長時間肛痛（由於肛門括約肌受刺激後產生痙攣所致）。臨牀常見患者因怕痛畏懼排便，出現“怕痛----忍便----便幹----更痛”的惡性循環現象。肛裂引起的出血也因撕裂血管的程度或多或少，常見因肛裂長期或大量出血而至貧血的病例。
肛裂早期如果得不到及時治療，會出現肛管潰瘍（裂口纖維化，又稱陳舊性肛裂）、肛乳頭肥大（息肉樣瘤）、哨兵痔（皮贅增生）等三種病症，繼續發展還可出現肛竇炎（肛門慢性炎症）和肛瘻（肛門化膿性炎症），與前三症合稱“肛裂五特徵”。也有因長期慢性炎性刺激成肛管癌的可能。
