肛瘻一旦形成，便不能自愈，這是因爲直腸內的污染物不斷進入內口，內口會持續感染，反覆的導致長期慢性炎症，而至使局部病竈形成纖維化管壁，管道常彎曲狹窄，致引流不暢，使感染沿括約肌間隙蔓延。肛瘻不手術是不行的，藥物只能起到輔助作用，達不到治療的效果，一旦確診肛瘻，即應及時治療，因爲病程越長，瘻管可能向四周蔓延，形成較多管道或較多外口，成爲複雜肛瘻，這一方面給治療帶來困難，同時手術創傷、癒合時間也會相應增加。
肛瘻不治療的併發症：
肛瘻一旦形成，自愈的機會極少，並帶來一系列的危害。首先肛瘻感染髮炎後，肛門疼痛劇烈，潰破後膿水污染內褲，膿汁刺激局部皮膚，肛門瘙癢劇烈。久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，發作亦越頻繁，形成互爲因果。肛瘻的多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而成多發性、複雜性肛瘻，影響到肛門的生理功能。最爲可怕的是，任由肛瘻發展，可對括約肌造成嚴重損傷，甚至可能造成肛門失禁等併發症，多年未治或誤治的老肛瘻有癌變的可能。
肛瘻初期瘻管尚無分枝，不僅可輕易地完成手術，而且肛門的機能也能迅速恢復正常，若對初期肛瘻置之不理，有的病竈會轉到直腸周圍和括約肌之間，瘻管會深且廣地蔓延，形成複雜性肛瘻。由於手術需將包含肛門小窩的瘻管及瘢痕組織整個切除才能不復發，所以傳統手術方法，即使單純低位肛瘻，完全癒合的時間一般也要將近一個月左右的時間。
