肛裂劇烈疼痛的主要原因是由於排糞時肛裂裂口內神經末梢受到刺激，立刻引起肛門內燒痛和刀割樣疼痛，從而使得肛門內括約肌痙攣收縮，導致持續性疼痛。然後，隨着時間的推移，括約肌漸漸疲乏鬆弛，疼痛隨之減輕，並逐漸消失。這在肛裂疼痛症狀中，稱之謂“疼痛的一個週期”。
肛裂的主要症狀就是疼痛。多數病人排便時即感疼痛，排便後有一短暫疼痛減輕的間隙期，隨後，出現持續且加劇的疼痛。疼痛的時間長短因肛裂的程度不同而不同，可長達數小時至整日。
另外，不僅排糞可引起肛裂的劇痛，咳嗽、噴嚏，以及排尿等都可引起這種疼痛週期。
