根據新生兒膿皰病以大膿皰隨後出現全身症狀的特點可以診斷，但要與下列疾病鑑別：
1.金葡萄性燙傷樣皮膚綜合徵可能是本病的嚴重類型。起病急，有嚴重的全身症狀，皮損主要是大水皰，尼氏徵陽性、剝脫顯著，不具有大膿皰損害。
2.遺傳性大皰性表皮鬆解症水皰多發生在手、足部等易受外傷和摩擦的部位，大皰內容澄清，常有家族史。
