(一)發病原因
Huntington病是影響紋狀體和大腦皮質的常染色體顯性遺傳病，呈完全外顯率，受累個體後代50%發病，HD爲4號染色體短臂4p16.3的Huntingtin基因突變所致，基因產物爲CAG三核苷酸重複擴增產生Huntingtin蛋白，正常人爲11～34個CAG重複序列，HD爲40個以上，只要了遺傳致病基因，或早或晚會出現症狀，純合子與雜合子的臨牀症狀無明顯差異，臨牀亦偶見散發病例，根據發病年齡，HD可分爲青年型(20歲前發病)及成年型。
本病遺傳特點包括早發現象(anticipation)，後代中有連續發病提前傾向;父系遺傳(paternal descent)早發傾向更明顯，這兩種現象都與導致HD突變的不穩定性有關，散發病例(即無陽性家族史)的HD約佔整個HD患者的1%。Huntington報告的病例均爲移居美國的英國人後裔，約1000多例HD病人祖先可追溯到1630年自英國移民來的6個人，其中一個家系可上溯300年，共12代，每代都有HD病人，美國的許多患者都是英國移民到美國長島的兩兄弟的後代，Negretee(1958)在委內瑞拉San Luis小漁村居民中發現很多HD病人，所有病人都來自150年前患HD的一個婦女的後代，突變基因的親源性影響發病年齡，幼年型HD多見於父系遺傳，年長髮病多爲母系遺傳，另發現4對單卵雙胎幾乎同齡發病，本病每代平均患病率爲50%，男女同樣受累，有些家族全部成員皆罹本病，家族一旦發病，就要逐代無間斷地相傳。
(二)發病機制
雖然基因突變點已經明確，但亨廷頓病發病機制還是不明確，有關發病機制的主要理論是脂質過氧化導致能量代謝的異常，後者進一步引起細胞的興奮毒性和凋亡，亨廷素和泛素一起出現在患者紋狀體和皮質的神經細胞核內包涵體中，以及營養不良的軸突內，但亨廷素和這些發病因素存在什麼關係，以及通過什麼途徑導致神經細胞凋亡，還不明確，其可能的途徑是：
1.通過亨廷素的細胞毒性導致不同部位的神經細胞變性。
2.亨廷素和甘油醛-3-磷酸脫氫酶結合導致能量代謝異常，出現尾狀核線粒體呼吸鏈酶複合體Ⅱ/Ⅲ活性降低，後者進一步導致選擇性神經細胞凋亡。
3.亨廷素相關蛋白結合到亨廷素的多谷酰胺鏈，也影響到其功能，進一步改變了細胞功能，包括基因翻譯的調控，蛋白的相互反應，細胞內和核內蛋白運輸以及突觸小泡的運輸。
病理改變主要是大腦皮質和紋狀體細胞丟失，大腦皮質萎縮，腦後部區中等大小含γ-氨基丁酸(GABA)及腦啡肽並投射到蒼白球外側部的多棘神經元最早受累，尾狀核及殼核受累嚴重，大量神經元變性丟失，小神經節細胞嚴重破壞，大神經節細胞輕度受侵，伴膠質細胞增生，腦室普遍擴大。
HD病人基底核中抑制性神經遞質GABA及其生物合成酶穀氨酸脫羧酶(GAD)，Ach及生物合成酶膽鹼乙酰基轉移酶均降低，DA含量正常或輕度增高，導致肌張力降低，動作增多，基底核中神經肽如P物質，蛋氨酸，腦啡肽，強啡肽等減少，促生長激素抑制素和神經肽Y增加，PET顯示解剖學正常的尾狀核葡萄糖利用率降低。
有學者認爲，在病理生理的發病機制中，是由於基底核-丘腦-皮質環路的損害，有兩個投射系統連接基底神經節的傳入和傳出結構：
①紋狀體和蒼白球內節及黑質網狀部之間的單突觸“直接”通路，此通路爲抑制性的，以GABA和P物質作爲神經遞質;
②通過蒼白球外節和丘腦底核的“間接通路”，在這條通路中，紋狀體與蒼白球外節之間和蒼白球外節與底丘腦核之間的投射都是抑制性的和GABA能的，而丘腦底核-蒼白球內節通路則是穀氨酸能的，激活直接通路可抑制輸出核的活動，從而使丘腦皮質投射神經元脫抑制，反之，激活間接通路對蒼白球內節和黑質網狀部具有淨興奮效應，從而對丘腦皮質神經元起抑制作用。
在Huntington舞蹈病早期，紋狀體到蒼白球外節(LGP)投射系統選擇性地退行性變，造成紋狀體神經元到蒼白球外節的神經元選擇性地減少，導致LGP神經元對STN抑制活動增強，結果使STN釋放衝動減少，也即對基底神經節(MGP，黑質的SNr和SNc)興奮性衝動釋放減弱，並繼而引起丘腦腹外側核(VL)對皮質反饋性抑制加強，這就可造成偏身舞蹈或偏身投擲(hemiballismus)。
