食道癌、賁門癌手術最主要的問題是防治併發症，主要包括：
（1）吻合口瘻：
這是食道癌手術後嚴重的併發症，一般發生率爲7%左右。吻合口瘻發生率與手術方式、方法有一定關係。頸部吻合口瘻比胸內吻合口瘻發生率高；食管胃吻合口瘻比食管腸吹合口瘻發生率低。其發生原因主要與手術技術、吻合口有無張力、吻合口有無繼發感染、病人手術前的營養狀況等因素有關。吻合口瘻多在手術後4-6天發生，但也有遲至手術後10天或更晚發生者。如果吻合口瘻發生在胸內，則可有體溫增高、心跳加快、胸痛及呼吸困難等症狀，嚴重者可有面色蒼白、多汗、脈搏微弱，煩躁或冷漠等休克症狀。而頸部吻合口瘻則多數僅表現爲低熱，頸部有氣體、唾液或食物殘渣從頸部傷口溢出。一般頸部吻合口瘦經切開引流後多數可以癒合。胸內吻合口瘻則需根據病人體質情況，吻合口瘻發生的時間，原先吻合方式等情況採用胸腔閉式引流、重新開胸吻合、吻合口瘻修補術及食管外置術等方式。同時應給予病人充分的營養，並保持水、電解質平衡。
（2）吻合口狹窄：
一般吻合口直徑小於1釐米爲吻合口狹窄，是食道癌手術後另一併發症，病人會有不同程度吞嚥困難表現。手術後吻合口狹窄多在手術後2～3周發生，也有遲至2～3個月後開始出現吞嚥困難，多與吻合技術、吻合口感染、吻合口瘻及病人本身系瘢痕體質等因素有關。如經檢查確診是吻合口狹窄，可進行食管擴張，多可治癒。少數食管擴張失敗者，可行食管內支架術及吻合口狹窄處切除，重新吻合等方法。
（3）肺部併發症：
食道癌及賁門癌患者多爲40歲以上病人，男性病人大多長年吸菸，患有慢性支氣管炎或不同程度的肺氣腫。手術中由於手術操作的需要，對肺要作較長時間的擠壓和牽拉。手術後因胃放人胸腔，壓迫肺，又因切口疼痛，病人不敢作有力的咳嗽排痰，因而可造成痰液在氣管內瀦留。加上麻醉過程中麻醉藥物刺繳及氣管插管對氣管粘膜的損傷，容易引起支氣管炎、支氣管肺炎、肺不張等肺部併發症。這些肺部併發症多在手術後24～72小時發生，病人可有氣急、呼吸困難、多汗、體溫上升等表現，體格檢查及胸部X線攝片可協助診斷。爲防止發生肺部併發症，對於有慢性支氣管炎、肺氣腫的老年患者，手術前應作預防性治療，可給予肌內注射抗生素及予以平喘化痰等治療。吸菸病人入院後即應囑其戒菸。
（4）乳糜胸：
正常人在食管中、下段位置附近有引流淋巴液的胸導管伴行，手術中在分離食管時有將它損傷的可能，如果食道癌向周圍組織外侵嚴重，則手術中發生胸導管損傷的可能性更大。
（5）單純膿胸：
單純膿胸是指在沒有吻合口瘻存在的情況下發生的膿胸。由於正常情況下食管腔內有細菌存在，因此食管手術屬污染手術，手術後有發生膿胸的可能。
