1.內服藥物治療
常用的藥物有斯皮仁諾膠囊、氟康哩膠囊等。其優點是有效。不足之處是療程長，有的長達半年之久；另外有一定的機率對肝臟產生損害，在治療前和治療過程中要進行肝功能檢查。
2.外用藥物治療
常用的藥物有巴特芬溶液、達克寧霜等。有一定效果。但難深入指甲內部。
3.外科治療
在局部麻醉下，拔除整個指甲。手術拔除效果好，但拔除多個指甲會對以後的生活、工作帶來一定程度的不便。
4.自行用刀削後搽外用藥
儘管此種方法不可取，但這是多數患者所採用的方法。灰指甲爲黴菌感染所致，用刀並不能把黴菌剔除，而且這種方法有傳播性。
5.物理治療
二氧化碳激光爲常用的治療灰指甲的物理治療，此法是用一束針尖大小的溫度超過1000℃的激光，射到病甲之上，病甲立即碳化變黑·除去一層，再燒一層，一層一層地灼除，直到甲牀。其優點爲各種微生物，包括灰指甲的致病原--黴菌在內，激光所到之處，無一倖存。其不足之處是操作精細，需由專業醫生進行。
