新生兒生殖器皰疹的母嬰垂直傳播有3種途徑：
1、經胎盤感染：新生兒經胎盤感染HIV較少，因爲胎盤的合體滋養層可阻擋HSV的侵入，減少HSV侵入介質的表達，防止HSV經胎盤傳播。
2、經宮頸感染：宮頸是病毒經母體垂直傳播給胎兒的重要途徑。在母體發生生殖器皰疹但是尚未發生外生殖器皮損時，宮頸病毒感染通常已經存在，宮頸病毒感染陽性率爲10%～30%。當外陰病毒檢測陰性時，尚不能判斷是否存在宮頸感染，此時胎兒可能已經發生了HIV感染。
3、經產道感染：新生兒HSV感染通常由於分娩時暴露於母親的生殖道分泌物所致，通常病毒通過眼、鼻咽部黏膜或繼發性損傷進入體內。分娩時新生兒與陰道黏膜緊密接觸數小時，而與外陰僅有短暫接觸，因此新生兒在宮頸和陰道發生感染的危險遠大於與外陰的接觸時的風險。
