腦室炎的診斷主要依靠腦脊液細胞學檢查，除腰椎穿刺腦脊液內白細胞增加及發現膿球外，腦室液的炎症改變亦明顯，甚至可查見絮狀膿性分泌物，蛋白含量增高，糖定量降低，細菌培養可爲陽性。
CT掃描可見被炎症波及的腦室室管膜有侷限性或彌散性薄層線狀強化，腦室內粘連出現分隔狀強化竈，腦積水或腦室變形、擴大。腦室室管膜炎的MRI表現，早期可無陽性改變，嚴重時行T2加權掃描，可見腦室周圍白質內有帶狀高信號區環繞，腦室內的膿性竈亦顯高信號。
除此之外，CT和MRI還常發現一些併發於腦室炎的病變，如腦膜炎、腦膿腫、腦水腫及軟化竈等。
細菌性腦室炎的治療與腦膜炎相似，應儘早查清致病菌及藥物敏感試驗，以便選用能透過血腦屏障的強效抗生素及藥物，儘快投給。同時，應立即將先前置入腦室的引流管或分流管拔除，因爲附着在管壁上的細菌具有更大的耐藥性。
如果腦室系統沒有梗阻，選用的抗菌藥物有效，感染常能得以控制，隨之腦脊液細胞數即減少，病情亦迅速改善。設若是腦室系統存在阻塞，或敏試有效的藥物透過血腦屏障較差時，則應在全身用藥的同時，反覆行腦室穿刺引流，並經腦室內給藥。
此時由於梗阻已變爲腦室積膿（Pyocephalus），則需用置管引流或行雙管沖洗引流，以4～8萬u慶大黴素溶在500ml生理鹽水中，由一管緩慢持續滴入，經另一管等量引流至封閉的瓶或袋中，每分鐘30～40滴保持出入平衡，直到引流液轉清，症狀好轉，細菌培養陰性及白細胞數正常之後，始可拔管。
位於腦深部接近腦室的膿腫，因靠室管膜一側的膿壁纖維化進程較慢，往往菲薄，故有突然破入腦室引起急性化膿性腦室炎的危險。遇此情況，唯有緊急開顱切除膿腫，用抗菌鹽水徹底沖洗腦室，並置管行腦室外持續引流，同時，全身加強抗菌治療，始有一線救治希望。
