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由於栽培木耳時，人們會向培養基裏添加尿素、銨鹽等含氮的物質，這些物質會被微生物利用，產生亞硝酸鹽。
所以鮮木耳裏往往也會有少量的亞硝酸鹽存在。
曾有人指出，木耳等菌類容易富集亞硝酸鹽，但是最近的一項研究指出，木耳中亞硝酸鹽的含量，比新鮮蔬菜的標準還低很多。另外，木耳在泡發後，亞硝酸鹽含量會更低。
因爲在泡發和反覆水洗的過程中，亞硝酸鹽會隨水流失。研究結果顯示，木耳泡發24小時之後，無論是放在室溫下還是冷藏保存，亞硝酸鹽含量都會下降。
另外，爲避免木耳變質，將其放在冰箱裏冷藏更好。
