小孩子的便祕大都屬於功能性便祕，因此小兒便祕並不是什麼特殊疾病所導致，更多是由於一些日常生活中的不良因素所致，這些因素包括幾下幾個方面——
1. 進食量不足，食物餘渣少而致大便量及次數減少;如長期進食不足導致營養不良，則可使腹肌和腸道收縮力減弱而加重便祕。
2. 食物成分與大便性質關係密切，食物中碳水化合物不足，易使大便乾燥;碳水化合物中米粉、麪粉類食品較穀類食物易於便祕;小兒偏食，喜食肉類而少吃或不吃蔬菜，食物中纖維素太少，也易發生便祕。
3. 生活不規律和缺乏按時大便的訓練，未形成排便條件反射導致便祕也很常見。兒童因無清晨大便的習慣，時常憋住大便也是導致便祕的常見原因;排便時注意力不集中，久而久之失去便意可致數日不排便。
4. 遭遇突然的精神刺激，導致情緒差、焦慮或抑鬱會影響正常排便;環境和生活習慣的突然改變也可引起短時間的便祕。具體影響因素包括家庭不和、父母離異、搬遷新居、轉學、面臨考試或升學等，有學者稱之爲精神性便祕。
5. 缺少體力活動，或患慢性病如營養不良、佝僂病等，因腸壁肌肉乏力、功能失常而發生便祕。使用某些藥物，如常用瀉劑、服用某些抗驚厥藥等可使腸蠕動減少而發生便祕。
6. 少數小兒的便祕可能與遺傳也有關係，這類小兒除便祕外，其他生理功能與正常兒童無差別，似乎生來就有便祕傾向，其家族也有便祕史，有學者稱之爲素質性便祕。
除了上述因素，要注意的是，少數小兒便祕也可能是由於其他病變或生理結構異常引起的，例如，肛門裂、肛門狹窄、先天性巨結腸、甲狀腺功能低下等都可導致便祕。
