白色念珠菌性陰道炎的發病機制包括：附着、發芽、蛋白酶、菌落轉換，具體過程如下：
附着
白色念珠菌首先要附着在陰道上皮細胞上，由於白色念珠菌表面的甘霜糖蛋白通過與宿主細胞的糖蛋白的受體結合來完成，因此具有附着性。此外，疏水力和靜電引力也促進白色念珠菌附着。附着作用是白色念珠菌黏膜定植和入侵機體的重要環節。沒有附着能力的白色念珠菌不致病。
芽管和菌絲的形成
白色念珠菌附着於陰道黏膜上皮細胞後，菌體出芽形成或假菌絲形成。菌絲的形成是白色念珠菌有效獲取營養的方式。芽管的形成增加了白色念珠菌附着於陰道或口腔上皮脫落細胞的能力，芽管及菌絲體的形成，助長了對陰道黏膜上皮的侵害。
分泌蛋白酶
白色念珠菌能分泌多種蛋白水解酶，如鹼性磷酸酶、磷脂酶和分泌性門冬酰蛋白酶等，有助長芽管穿透到完整的黏膜上皮細胞。急性白色念珠菌陰道炎患者比無症狀的帶菌者蛋白溶解作用爲強。
菌落的轉換
同一株白色念珠菌可在某些條件下出現幾種菌落形態，爲高頻率可遺傳的表型變異。白色菌落轉換爲不透明菌落，對真菌藥物的抗藥性升高，具有新的毒力，包括附着能力、發芽能力、產生蛋白酶和形成菌絲體的能力都增加。
