(1)胚胎髮育不全：孕卵異常是早期流產的主要原因，在妊娠頭兩個月的流產中，約有80%是由於精子和卵子有某種缺陷，以致使胚胎髮育到一定程度而終止，因此，這種流產的排出物中，見不到原始的胚胎組織。
(2)內分泌功能失調：受精卵在孕激素作用下，才能在子宮壁上着牀，生長髮育成胎兒。當體內孕激素分泌不足時，使子宮蛻膜發育不良，從而影響受精卵的發育，容易引起流產。如果前列腺素增多，會引起子宮肌肉的頻繁收縮，也會導致流產。甲狀腺功能降低，可使細胞氧化能力障礙，進而影響胚胎的生長髮育而流產。
(3)生殖器官疾病：子宮畸形如雙角子宮、縱隔子宮、子宮發育不良。盆腔腫瘤，尤其是粘膜下肌瘤等均可影響胎兒的生長髮育而導致流產。子宮內口鬆馳或宮頸深度裂傷都引起胎膜早破而發生晚期流產。
(4)孕婦全身性疾病：孕婦患有流感、傷寒、肺炎等急性傳染病，細菌毒素或病毒通過胎盤進入胎兒體內，使胎兒中毒死亡。高熱可促進子宮收縮而引起流產。孕婦患有重度貧血、心力衰竭、慢性腎炎和高血壓等慢性病，可因胎盤梗塞及子宮內缺氧而使胎兒殘廢，而致流產。孕婦營養不良，特別是維生素缺乏，以及汞、鉛、酒精中毒均可引起流產。
(5)外傷：孕婦的腹部受到外力的撞擊、擠壓，以及孕婦跌倒或參加重體力勞動、劇烈體育運動;腹部手術如闌尾炎，或卵巢囊腫手術均可引起子宮收縮而發生流產。
(6)情緒急驟變化：孕婦的情緒受到重大刺激，過度悲傷，驚嚇，恐懼，及及情緒過分激動，可引起孕婦體內環境失調，促使子宮收縮引起流產。
(7)胎盤發育不良：胎兒在母體內生長髮育，主要通過胎盤將母體的營養物質和氧輸送到胎兒，如果胎盤發育不良或出現疾病，胎兒得不到營養物質和氧而停止生長引起流產。
(8)母兒血型不合：孕婦過去曾接受過輸血，或在妊娠過程中產生和血型不合的致凝因子，會使胎兒的體內細細胞發生凝集和溶血，從而引起流產。
首先了解流產原因，強調夫婦同時診斷，不僅查女方，應重視男性因素，有條件的醫院均已設立遺傳優生諮詢門診。習慣性流產的診治爲其重要內容之一。
(一)詳細詢問既往妊娠史、既往病史、家族遺傳史，有可疑遺傳病史應繪製家譜圖。
(二)進行全身系統檢查及婦科檢查。
(三)進行必要的化驗及輔助檢查。男方：精液常規、血型、染色體等。女方：陰道細胞塗片、宮頸評分、基礎體溫、血型、染色體、B超檢查子宮發育情況有無畸形等。
(四)可根據情況進一步檢查：
1.疑子宮畸形除B超外，可行子宮輸卵管造影、子宮鏡、腹腔鏡檢查。
2.疑內分泌異常，檢查空腹血糖。可結合基礎體溫行子宮內膜病理檢查及放免查孕酮、LH、FSH、PRL、E2、T3、T4、TSH、17-OH、17-Cu等檢查，必要時可行顱腦CT，瞭解腦下垂體有無微腺瘤等。
3.疑特殊感染可查鉅細胞病毒，弓形體、衣原體檢查。
4.有不良環境接觸史者，行SLE、微核、染色體畸變率檢查。
5.疑ABO血型不合者，進一步檢查抗體效價。如妊娠期進行間段檢查，抗體效價是否有改變。接受治療後效價是否下降。
引起自然流產的原因主要有：
1、遺傳因素，由於染色體的數目或結構異常所致的胚胎髮育不良，是流產最常見的原因，在佔全部妊娠15%~20%的自然流產中，遺傳因素可佔60%~70%。，(流產兒染色體異常佔50%~60%，夫婦一方或雙方有染色體異常的約佔10%)。由此可見，遺傳因素是自然流產的最主要的元兇，尤其是懷孕頭3個月內的流產。
2、外界不良因素的影響，大量吸菸(包括被動吸菸)、飲酒、接觸化學性毒物、嚴重的噪音和震動、情緒異常激動、高溫環境等一切可導致胎盤和胎兒損傷的因素都可造成流產。
3、母體疾病，母體患任何不利胎兒生長髮育的疾病都可造成流產。
4、父方因素，有關研究顯示，大約有10%~15%的男性精液中含有一定數量的細菌，可影響孕婦使胚胎流產，近來發現有一種無症狀的菌精症可導致孕婦流產。
自然流產是孕婦的不幸，但從某種意義上講，自然流產正是人類不斷優化自身的一種方式，也正是對孕育着的新生命進行選擇，優勝劣汰是大自然的法則，佔流產50%以上的染色體異常，胎兒早期流產會減少畸形兒的出生，因此，在保胎前應儘可能的查明原因，尤其是習慣性流產，不要盲目保胎。
怎樣減少流產的發生?發生習慣性流產，夫婦雙方應做全面的體格檢查，特別是遺傳學檢查，基因學的發展將會給患有習慣性流產的夫婦帶來福音。找出造成習慣性流產的原因，根據原因加以防止和治療纔能有效的控制其發生：
1、發生流產後半年以內要避孕，待半年以後再次懷孕，可減少流產的發生。
2、要做遺傳學檢查，夫婦雙方同時接受染色體的檢查。
3、做血型鑑定包括Rh血型系統。
4、有子宮內口鬆弛的可做內口縫扎術。
5、針對黃體功能不全治療的藥物使用時間要超過上次流產的妊娠期限(如上次是在孕3月流產，則治療時間不能短於妊娠3月)。
6、有甲狀腺功能低下，要保持甲狀腺功能正常後再懷孕，孕期也要服用抗甲低的藥物。
7、注意休息，避免房事(尤其是在上次流產的妊娠期內)，情緒穩定，生活規律有節。
8、男方要做生殖系統的檢查。有菌精症的要治療徹底後再使妻子受孕。
9、避免接觸有毒物質和放射性物質的照射。
