據研究，腸道內各種各樣的微生物有100-500種。在生態平衡時，它們不但無害，反而有益；但在生態平衡失調時，則有害。
陰道當然也不例外。陰道經上端與子宮、輸卵管相連直通腹腔，下端則與外界直接相通；它的開口處前方是尿道口，後方是肛門，很容易遭受污染。其中，既有常駐的各種微生物（包括細菌、病毒和支原體等），又可因性接觸，而臨時帶入多種病原體。
過去，有人對280名孕婦進行研究，從陰道內共查出19種（屬）微生物，如棒狀桿菌、乳酸桿菌、表皮葡萄球菌等常駐菌，甚至還有被認爲是致病性強的大腸桿菌或金黃色葡萄球菌等（由於檢驗技術的進步，現今發現的更多）。但是，爲什麼有些不太講究個人衛生的婦女不發病，而那些十分講究個人衛生的婦女，有時卻會發生嚴重的外陰、陰道或盆腔炎症，而且還久治不愈呢？這就和生態平衡與否有關了。
原來，婦女的生殖器官，在解刮和生理上都有其獨特的防禦結構和功能。婦女外陰兩側的小陰脣經常合攏關閉，陰道前後壁又緊貼在一起，形成了自然的防禦屏障，更重要的是陰道上皮細胞，在雌激素影響下，能夠發生週期性變化並脫落，由於含有不同程度的糖原，在陰道桿菌的作用下，將糖原轉化成乳酸，使陰道酸鹼度保持在PH4-4.5之間，這樣，適應在鹼性環境中生存的微生物，便不能在此生長繁殖。這種自然產生的防禦功能，也叫做“自淨作用”。
生態平衡時，陰道內的菌羣是有一定組合結構的。例如：有多少種（屬）的微生物，它們的比例各佔多少，生存在陰道的哪一部位等，都受着生態因素的嚴密控制。通過這種控制，不僅常駐的正常菌羣不外流，而且也使外來的微生物難於定居下去。
當婦女患有貧血、營養不良、高熱、過度虛弱或疲勞時，由於抵抗力降低，微生物之間的正常生理組合便會發生變化，以致細菌比例失調而產生致病性。通常情況下，在一些健康帶菌者中，雖然可以檢出攜帶真正的致病菌，如傷寒桿菌或痢疾桿菌等，但並不發玻可是，如生態平衡失調，則會導致菌羣失調。
